用python map函数实现pharmdock并行运算

来源：互联网发布：袁隆平转基因知乎编辑：程序博客网时间：2024/06/05 23:42

最近在服务器上应用Pharmdock软件进行运算时，只能利用一个cpu，考虑到cpu浪费太多，于是考虑到了多线程

import osfrom multiprocessing import Pool#遍历文件夹，返回分子路径def get_mol_paths(folder):    return (os.path.join(folder,f) for f in os.listdir(folder) if f.endswith('_omega2.mol2'))'''#遍历分子列表，返回分子路径def get_mol_paths(molslist):    f= open(molslist)    g=[]    for m in f.readlines():        m=m.strip('\n') #去掉每行结尾处的换行符        g.append(m)    return g '''def run_cmd(filename):    dock='/usr/local/cloud/PharmDock/bin/docking \                -c /usr/local/cloud/PharmDock/dat/CamDoc.bcf \                -l %s \                -p /map/substr/test/ProtPharm/Docking_Pharmacophore.mol2 \                -ps /map/substr/test/ProtPharm/Scoring_Pharmacophore.mol2 \                -prot /map/substr/test/pro.pdb \                -nmode 1 -o out -limoc' % filename    os.system(dock)if __name__=='__main__':    folder="/map/free/free_ph"    mols = get_mol_paths(folder)    pool = Pool()    pool.map(run_cmd,mols)    pool.close()    pool.join()

map函数读取mols列表中的文件作为参数分别传入run_cmd进行运算，并行处理后16个cpu可以全部利用，速度大大提升

关于map函数的解析和应用可参照：

http://my.oschina.net/zyzzy/blog/115096

http://www.jb51.net/article/63368.htm

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