CHIPSeq的原理和应用

染色质免疫共沉淀技术（CHIPSeq，也称结合位点分析法，是研究体内蛋白质与相互作用的有力工具，通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。将与第二代测序技术相结合的技术，能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的区段。

CHIPSeq的原理是：首先通过染色质免疫共沉淀技术（特异性地富集目的蛋白结合的片段，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。

对客户提供的样品（如果有阴阳参启动子区域或序列的）进行定量检测，检测合格后进行测序文库构建、成簇（Cluster generation）扩增、高通量测序。基本数据分析数据产出统计：对测序结果进行图像识别（Base calling），去除污染及接头序列；统计结果包括：测定的序列（长度、数量、数据产量。标准高级数据分析内容包括:CHIPSeq序列与参考序列比对；Peak Caling：统计样品Peak信息（峰检测及计数、平均峰长度、峰长中位数）；统计样品Uniquely mapped reads在基因上、基因间区的分布情况及覆盖深度；给出每个样品吴联基因列表及GO功能注释；在多个样品间，对与关联基因做差异分析。