BLAST（2004版）本地化安装与使用，生成PSSM打分矩阵

一、软件安装
       1、软件下载：该软件目前已更新到2.3.0+（ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.3.0/），我使用的是师姐给的2004年2.2.9版（ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/release/2.2.9/）大家可以根据自己的需求来下载。两个软件在Dos环境下的命令还是不一样的，我个人感觉2004版的更方便一点。
      2、软件安装：新建Blast文件夹，把blast-2.2.9-ia32-win32拷贝到该文件夹。运行blast-2.2.9-ia32-win32可产生data文件和其他文件，新建bin和db两个文件夹把之前产生的文件都放在bin中，db文件夹用来存放蛋白质或其他数据库文件。最后把Blast文件夹放在C盘根目录下。
     3、环境变量设置：右键“我的电脑”-属性，然后“高级系统设置”选项-“环境变量”。在用户变量下方点击“新建”-变量名：BLASTDB，变量值：C:\Blast\db(即数据库路径)。在系统变量下方“Path”添加变量值：C:\Blast\bin。 
    4、Blast软件运行。Blast是在Dos环境下运行的，快捷键Win+R打开cmd进入Dos环境，输入“blastn -version”显示Blast版本信息即可。
二、Blast本地数据库构建
     1、下载数据库： 在NCBI下载你所需要用的数据库，或者在Swiss-prot（ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/swissprot/）数据库下载FASTA格式的数据，最后把数据放在db文件中。
     2、创建一个ncbi.ini file文件：
[NCBI] 
Data="C:\Blast\data\"   并把该文件放在 Windows or WINNT目录下。
     3、数据的格式化：在Dos环境下运行 cd C:\blast\db回车，然后输入formatdb.exe -p T -i swissprot -o T(本文以swissprot数据库为例进行实验) 进行格式化命令。
 三、利用blast生成PSSM打分矩阵
       在Dos环境下运行 blastpgp -i 1.txt -d swissprot -j 3 -h 0.001 -o print.txt -Q 1.pssm，最后在db文件夹下生成相应的文件。
       部分参数解释：“-”是命令提示符；blastpgp生成打分矩阵程序 ；  -i输入查询文件（1.txt）; -d查询数据库（ swissprot）；-o输出文件（print.txt）； -Q（生成打分矩阵） 1.pssm。
四、blast命令帮助

       在blast-2.2.9（2004版）中运行C:\blast>blastpgp使用的程序即可，在2.3.0+版本中运行C:\blast\blastp（根据实际情况而定） -help 则需要加一个“-help”命令。

参考文献（window系统下本地blast+安装与使用教程   http://blog.sina.com.cn/s/blog_567b43d00101maqx.html）