centOS集群repeatmarker软件安装

1. 安装RMBlast序列搜索引擎

repeatmasker安装的时候需要安装g++，如果直接输入
yum install g++
会提示
No package g++ available.
Error: Nothing to do
查了一下[1]，在centOS系统上，g++的真实姓名是gcc-c++
执行
yum install gcc-c++
就可以安装成功了

往后可以专心安装repeatmasker了，具体参照[2]中提示
解压
进入到ncbi-rmblastn-2.2.28-src/c++文件夹
执行
./configure –with-mt –prefix=/usr/local/rmblast –without-debug
会提示
configure: error: Do not know how to build MT-safe with compiler /usr/local/bin/g++ 5.3.0
后来找了一下，参考[3],可以直接执行编译好的
****Download Pre-compiled Package:
Download both the BLAST+ and RMBlast packages from NCBI for your platform:
RMBlast Binaries:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/rmblast/2.2.28
BLAST+ Binaries:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.2.28/
Unpack BLAST+ Distribution:
Unpack the distributions in a place that will be accessible to RepeatMasker ( ie. /usr/local ). Note both distributions will end up in the same directory called rmblast-2.2.28:
cd /usr/local
tar zxvf ncbi-blast-2.2.28+-x64-linux.tar.gz
tar zxvf rmblast-2.2.28-x64-linux.tar.gz
cp -R rmblast-2.2.28/* ncbi-blast-2.2.28+/
rm -rf rmblast-2.2.28
mv ncbi-blast-2.2.28+ rmblast-2.2.28

2.TRF(Tandem Repeat Finder)搜寻串联重复序列

安装好以后，下载
http://tandem.bu.edu/trf/trf407b.linux.download.html
mv trf407b.linux /usr/local/bin/trf
chmod 777 /usr/local/bin/trf

3.安装RepeatMasker程序

下载地址
http://www.repeatmasker.org/RMDownload.html 2/21/2013: RepeatMasker-open-4-0-1.tar.gz

tar xvzf RepeatMasker-open-4-0-1.tar.gz
解压后进到相应文件夹
执行
perl configure
按照提示把上面安装的文件路径写上去就可以

4.最后repeatmasker的数据库

数据库http://www.girinst.org/server/RepBase/index.php, 需要注册才能下载，人工审批，可能要等两天
参考文件2上说的那个数据库已经过期了，现在只能注册，无法注册的读者可以联系我，至于公司的客户，其实可以去注册商业版，花不了几个钱，算是支持一下科研事业吧，下载了数据直接替换掉原来的库即可

[1]http://blog.sina.com.cn/s/blog_6f561cc301015emv.html
[2]http://www.bbioo.com/lifesciences/40-113354-1.html
[3]http://www.repeatmasker.org/RMBlast.html