如何快速研究透一篇 Paper 并提出有价值的问题？

来自知乎：https://www.zhihu.com/question/24708090/answer/32479805

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部分同意 @欧阳笠的观点，简单谈点自己的看法。做生物科研狗做了也将近十年了，从非常基础的点起步，细分的话，目前也算涉足了4~6个当前大红大紫的科研领域。在平常的所谓academic life中，最不爽的莫过于身边一群欧美同学本着英文母语或者近母语的优势（我的英语很差，尤其和他们比的时候），总是能够在极其短的时间读完一篇paper，然后在lab meeting的时候侃侃而谈。刚刚开始的时候，我总是以一种艳羡的心情来膜拜这些“大神”，然后以实验太过繁重为借口来避免跟他们在seminar中讨论任何文章。但是，有段时间比较闲，在等一批数据从collaborator那里返回来，就选择性的读了当时几期seminar的paper，然后在听这些“大神”们讨论的时候的心情就变成了：WTF，are u seriously talking about this paper? 然后就意识到，其实自己完全没必要完全站在聆听者的角度，真的读了就真的可以参与到他们的讨论中去，一方面可以学习到更多的东西，另一方面在很多点上可以实施参考的碾压 ;) 不好意思，原谅我一说中文分分钟变话唠。here is my point:
首先，大的前提是，我们都有一些所在学科的理论背景，至少接受过正统的本科教育，然后接触到了一个有背景知识的研究领域中。如果你不具备这个点的话，我建议按照 @欧阳笠所说乖乖地去读这个领域里面比较经典的一些研究论文，这个时候不一定要考虑去吃透每一篇论文的研究思路，只要大致了解这个领域是做什么的，大家已经做了什么，在哪方面取得了比较好的结果，哪个方面还有待进一步发掘，这个领域的大牛，小牛和牛犊儿都是谁，这些人目前正在做什么，并进一步揣测这些人将要接着做些什么。当然，鉴于可能你刚刚接触这个领域，不一定能马上领悟这么多，但是不要着急，踏踏实实的读一点东西，一步步积累才能在日后真的做到你题目中说到的“快速研究透”。总得来讲，就是先积累一点点所读领域的common sense.
然后，我来讲讲假设你已经有一些这样的背景了，怎样针对一片paper快速吃透：
第一步，这篇paper的出发点是什么？一篇paper的abstract开头2-5句和introduction部分（除去最后一段）必然在讲这个问题。那么读了abstract中这个最多5句话，快速浏览一下introduction（除去最后一点），你就可以知道作者总结了一下他做的东西从哪儿发展来的，别人都做了什么，他觉得别人什么地方做的不够，所以他就接着做了，并发了这篇文章。
第二步，这篇paper中用了什么样新的技术手段？abstract衔接背景之后的最多2句话，也有可能和做出来了什么东西合在一起说，以及introduction的最后一段。通常来讲，如果作者用了什么新的技术手段，尤其是令作者本人觉得牛逼哄哄的技术，他一定会不厌其烦的说上这么几句，所以如果你想找到一篇文章技术的闪光点，通常来讲，先关注一下这两个部分，然后再去后文找细节。
第三步，发现了什么？abstract最后2句，作者必然会交代“哥做出来了这个么东东”这个问题。那么，你只要头脑里记着他做出来了什么，后面读文章主体部分的时候，你就可以随时按照逻辑线进行推理，就可以最终构建出整篇文章的逻辑线路，然后就能知道文章中哪一个小段落的结论是整篇文章的关键，哪个小结论是辅助作用，哪个小结论是没什么大用，但是做都做了就拿上来添一添篇幅（这个真的有）。
第三步，庖丁解牛。按照上面说的技术脉络+逻辑线路走下来，通常来讲你会发现一篇好的文章真的是读起来酣畅至极。你在想着这个文章还少点什么的时候，刚好发现下一节就将要讲什么，那个feel真是倍儿爽。当然，你也会偶然的发现文章的哪个地方可能是有人在赶工，哪个地方逻辑出现断层之类的。当然，还会有个别时候，你会发现自己的逻辑思路被大神碾成了渣。但是，这样的时候毕竟还是少的，因为做science毕竟是要讲逻辑的嘛；）
第四步，这一步通常来讲是读一篇paper的关键，就是在知识纬度上拓展。前面已经基本了解了paper所涉及领域的研究点，技术水平等。这一步是来了解未来可能的研究点。一般出现在discussion中。当然，有些作者想到哪儿写到哪儿，也偶尔会把部分内容放在个别的小结论段落中的末尾部分。尤其是有些话唠型作者会在某个他没有拿到太理想的结果但又忙于赶工不得不就那么些的部分啰嗦那么几句要是这个实验再怎么怎么改进一下会更漂亮。当然，这种类型多是那种技术上的前瞻。而理论部分的研究前瞻点基本都会老老实实的出现在discussion里面。一些大牛会写的很朴素，把这个领域还要怎么做下去写得掏心掏肺。但是也会有一些人写着部分就是临时性的脑洞大开，更有甚者满嘴跑火车。通常，在一个高质量的seminar中，大家会针对这个部分有个激情的讨论点。但是不是所有的人都重视这个点，我就听某个国内正大红大紫的大牛鄙视过所有paper的discussion部分。
第五步，技术性细节。通常一篇文章完成上面四个部分对我而言就算读完了。我保持这种心态和习惯很久。直到遇到了一个师兄。此兄对于所读文章的技术细节都非常在行。而且他总是强调他读文章就是为了抠技术的细节。所以，如果你想了解技术的细节，不要放过material & method部分，甚至遇到那种一下亮瞎眼的method，还要去查一查该技术的专门的文章，这样才能把别人的技术用到你的实验中来。而不是像原来的我，理论上积累了一堆，说到要怎么实现我的设想，就要傻哈哈地跑出找那位师兄讨论。然后经过我一番大费唇舌的blablabla，他突然来一句：oh, you want to do this. en huh, i can help you to design the experiments.

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答案很简单，包括两点。第一，比较阅读同领域10篇以上文章。第二，画思维导图。

先说第一点，原因有二。

1. 巧妇难为无米之炊
现在学术界的细分已经达到了一个很高的程度，科研上的全才越来越少，绝大多数是在某个领域深度挖掘的大拿。即使是诺奖得主，拿到不熟悉领域的单一某篇文章，要看出个门道来也不是一件容易的事情。任何一篇学术论文都是建立在大量相关研究的基础上，没有对相关背景知识的积累，指望自己灵光一闪是不大现实的。证据就是投稿大多数杂志时，编辑都会找相关领域的专家来审稿。因为，很多东西只有内行才看得出来。

2. 是骡子是马，牵出来遛遛
同一个科学问题，可能不同实验室的研究者用不同的方法得到相似或者相反的结论。通过全面比较不同研究者的文章，更容易得出一些有价值的想法。举个简单的笠子吧。

年初小保方晴子发表了一篇Nature文章（Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency : Nature : Nature Publishing Group），如你所知，她用简单的改变培养基pH的方法制造出了induced pluripotent stem cells (iPSCs)。别说作为一个门外汉，当时我身边的不少PhD看了文章都在啧啧称奇，讨论如果早点发表，诺贝尔奖说不定就要易主了。

其实只要比较阅读小保方晴子的文章和诺奖得主山中伸弥06的文章（Induction of Pluripotent Stem Cells from Mouse Embryonic and Adult Fibroblast Cultures by Defined Factors: Cell）就不难发现，山中伸弥费了九牛二虎之力，用4个转录因子通过病毒载体才以极低的效率产生了ips。随后几年，各大实验室也都苦心孤诣提高ips诱导效率。比较两篇文章也能发现，山中伸弥的文章证据充分，各项数据，证据链齐全，实在是很扎实的一篇文章（Cell的一贯风格）。反观小保方晴子，她谈笑间樯橹灰飞灭，直接放点醋就行了，听上去就像水变汽油的神话。果不其然，数月后，泡沫就被戳破了。所以，比较阅读实在是一把利器。


第二点就是提纲挈领，画思维导图。
第一步，先看文章abstract，对文章的主题有个大概印象。

第二步，直接去看Results部分的小标题。这是文章的脉络，把这些标题串起来就组成了文章的故事主体。分析其逻辑结构，看能不能自圆其说，以及证据链完整与否。可以使用GRE argument写作中的思辨方法。（适用于有小标题的文章）

第三步，深入Results的各个部分，简单来说，就是看提供的数据能不能支持每个部分的总结句子（往往在段落末尾）。

第四步，研究Discussion部分，这是文章的精华所在。最近看到的一篇discussion写得很好的文章，大家可以借鉴一下（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17015822）。文章有点老，大家别介意~

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总结下，要读透文章并提出有价值的问题，读一篇文章肯定是不够的。那么问题来了，如何找到相关文章呢？最简单的方法是看文章的References，把其引用的相关文献看一看。最后还有个高阶版方法。

当搜索一篇文章后，在箭头所示位置会显示被引用次数，点进去，就可以看见引用过这篇文章的相关文章了。而且这些文章比该文章的References新。在科学界，时效性是很重要的。所以看越新的文章一般也会越好。

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