POJ1080 Human Gene Functions

来源：互联网发布：小米3支持4g网络吗编辑：程序博客网时间：2024/04/29 03:55

题意：
给出两组基因序列，给定每个基因字母与基因字母之间，以及基因字母与空格之间的相似度，求两组基因序列的最大相似度。其中，空格和空格不能相对。

思路：
此题和最长公共子序列的求解方法类似，利用动态规划进行求解。
假设 res[i][j] 表示基因序列a的前i个基因与基因序列b的前j个基因的最大相似度，则可得递推关系式：

 res[i][j] = max(res[i - 1][j - 1] + V[a[i - 1]][b[j - 1]],                 res[i][j - 1] + V[' '][b[j - 1]],                 res[i - 1][j] + V[a[i - 1]][' ']);

即a[i - 1]与b[j - 1]相对、空格与b[j - 1]相对、a[i - 1]与空格相对这三者的最大值。
本题要注意的地方在于res[][]数组的初始化，初始化要全面。

  res[0][0] = 0;  res[0][j] = res[0][j - 1] + V(' ', b[j - 1]);  res[i][0] = res[i - 1][0] + V(a[i - 1], ' ');

代码如下：

#include <iostream>using namespace std;#define MAXNUM 110int max(int a,int b,int c){    //求三个数的最大值    int max = -10000;    if(max < a)max = a;    if(max < b)max = b;    if(max < c)max = c;    return max;}void GetInput(int &p,int &q,int a[],int b[],char A[],char B[]){    cin>>p;    getchar();    gets(A);    cin>>q;    getchar();    gets(B);    int m = p;    int n = q;    for(int i = 0; i < m; i++)    {        if(A[i] == 'A')a[i] = 0;        else if(A[i] == 'C')a[i] = 1;        else if(A[i] == 'G')a[i] = 2;        else if(A[i] == 'T')a[i] = 3;        else if(A[i] == ' ')a[i] = 4;    }    for(int j = 0; j < n; j++)    {        if(B[j] == 'A')b[j] = 0;        else if(B[j] == 'C')b[j] = 1;        else if(B[j] == 'G')b[j] = 2;        else if(B[j] == 'T')b[j] = 3;        else if(B[j] == ' ')b[j] = 4;    }}void Oninit(int p,int q,char A[],char B[],int a[],int b[],int res[MAXNUM][MAXNUM],int V[5][5]){    int m = p;    int n = q;    res[0][0] = 0;    for(int i = 1; i <= m; i++)    {        res[i][0] = res[i - 1][0] + V[a[i - 1]][4];    }    for(int j = 1; j <= n; j++)    {        res[0][j] = res[0][j - 1] + V[4][b[j - 1]];    }}void LCS(int p,int q,int a[],int b[],int res[MAXNUM][MAXNUM],int V[5][5]){    int m = p;    int n = q;    for(int i = 1; i <= m; i++)    {        for(int j = 1; j <= n; j++)        {            res[i][j] = max(res[i - 1][j - 1] + V[a[i - 1]][b[j - 1]],res[i][j - 1] + V[4][b[j - 1]],res[i - 1][j] + V[a[i - 1]][4]);        }    }}int main(){    int n = 0;      //输入n组数据    int p = 0,q = 0;    char A[MAXNUM];    char B[MAXNUM];    int a[MAXNUM] = {0};    int b[MAXNUM] = {0};    int res[MAXNUM][MAXNUM] = {0};    int V[5][5] = {{5,-1,-2,-1,-3},{-1,5,-3,-2,-4},{-2,-3,5,-2,-2},{-1,-2,-2,5,-1},{-3,-4,-2,-1,0}};    cin>>n;    for(int i = 0; i < n; i++)    {        GetInput(p,q,a,b,A,B);   //得到用户输入        Oninit(p,q,A,B,a,b,res,V);     //初始化        LCS(p,q,a,b,res,V);        cout<<res[p][q]<<endl;    }}

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