基因数据处理3之bwakit安装和使用
来源:互联网 发布:protobuf3.x java 编辑:程序博客网 时间:2024/05/22 06:29
基因数据处理3之bwakit安装和使用
1.下载
方法1:
http://bio-bwa.sourceforge.net/
方法2:
https://github.com/lh3/bwa/tree/master/bwakit
方法3:
wget http://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/bwakit/bwakit-0.7.12_x64-linux.tar.bz2
2.解压,然后可以直接运行:
hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/backup/test1$ tar -xjf bwakit-0.7.12_x64-linux.tar.bz2 hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/backup/test1$ lsbwa.kit bwakit-0.7.12_x64-linux.tar.bz2 download
最好将bwa放到local的bin下:
sudo cp bwa /usr/local/bin
3.下载:
bwa.kit/run-gen-ref hs38DH
bwa.kit/bwa index hs38DH.fa # create BWA index# mappingbwa.kit/run-bwamem -o out -H hs38DH.fa read1.fq read2.fq | sh
运行结果:
total 114Mdrwxrwxr-x 3 hadoop hadoop 4.0K 3月 11 11:19 ./drwxrwxr-x 3 hadoop hadoop 4.0K 3月 11 11:12 ../drwxr-xr-x 5 hadoop hadoop 4.0K 12月 24 2014 bwa.kit/-rw-rw-r-- 1 hadoop hadoop 46M 12月 29 2014 bwakit-0.7.12_x64-linux.tar.bz2-rw-rw-r-- 1 hadoop hadoop 46M 12月 29 2014 download-rw-rw-r-- 1 hadoop hadoop 8.0M 3月 11 11:18 hs38DH.fa-rw-r--r-- 1 hadoop hadoop 477K 3月 11 11:18 hs38DH.fa.alt-rw-rw-r-- 1 hadoop hadoop 15 3月 11 11:19 hs38DH.fa.amb-rw-rw-r-- 1 hadoop hadoop 365K 3月 11 11:19 hs38DH.fa.ann-rw-rw-r-- 1 hadoop hadoop 7.6M 3月 11 11:19 hs38DH.fa.bwt-rw-rw-r-- 1 hadoop hadoop 1.9M 3月 11 11:19 hs38DH.fa.pac-rw-rw-r-- 1 hadoop hadoop 3.8M 3月 11 11:19 hs38DH.fa.s
4.
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