Liux常用命令和caffe 常用命令

Linux部分：

 配置 cuda 环境变量  export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda/lib64:./build/lib:$LD_LIBRARY_PATH
查看当前环境变量:
echo $PATH
设置: 
方法一：export PATH=PATH:/XXX 但是登出后就失效
方法二：修改~/.bashrc或~/.bash_profile或系统级别的/etc/profile
        1. 在其中添加例如export PATH=/opt/ActivePython-2.7/bin:$PATH  (cuda:export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda/lib64:./build/lib:$LD_LIBRARY_PATH)
        2. source .bashrc  (Source命令也称为“点命令”，也就是一个点符号（.）。source命令通常用于重新执行刚修改的初始化文件，使之立即生效，而不必注销并重新登录)


1\ 重新编译  make clean  然后make ， language——identify_real_data 重新重新编译即可
  重新编译完 不需要配置cuda 环境变量，直接能够利用caffe
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文件拷贝：
cp -Rf /home/user1/* /root/temp/
将 /home/user1目录下的所有东西拷到/root/temp/下而不拷贝user1目录本身。
即格式为：cp -Rf 原路径/ 目的路径/
选择性满足条件拷贝请参考：http://www.jb51.net/LINUXjishu/65722.html
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2、 vnc 使用
关掉一个vnc  vncserver  -kill :4   kill :4之间有个空格


启动vnc      vncserver :4


启动的时候同时调整vnc的 分辨率          vncserver -geometry 1280x1024


调整分辨率 需要先把原来的vnc kill 调，然后重新启动时候 调整 


注意，远程桌面只能看到终端的话，可能是在配置文件里把界面关了。如果不注意把终端关掉的话，可以kill
掉这个窗口，然后重新打开一个vnc 即可。
远程桌面只能看到终端，设置桌面方式。修改完毕后须重新启动 VNCServer
VNCServer 的X 桌面默认为 twm, 这时连接进去只能看到终端界面，而看不到远程桌面界面。可修改 /root/.vnc/xstartup 文件，将其改为 GNOME 或 KDE 桌面：
GNOME：
[root @ test vnc-4_1_2-x86_linux] # vi /root/.vnc/xstartup
#！/bin/sh
[ -r $HOME/.Xresources ] && xrdb $HOME/.Xresources
xsetroot –solid grey
vncconfig –iconic &
xterm –geometry 80x24+10+10 –ls –title “$VNCDESKTOP Desktop” &
gnome-session &
设置完之后，重新登录vnc出现，如下三行。
Accept clipboard from viewers
Send clipboard to viewers
Send primary selection to viewers的页面，所以还是必须要去掉这两行前面的#才能正常进入桌面
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3 把 cuda 加入环境变量
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda/lib64:./build/lib:$LD_LIBRARY_PATH
http://blog.csdn.net/vbskj/article/details/17463735 参考博客，cuda 配置
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4、 显卡使用情况
请用nvidia-smi命令查看GPU的使用情况。
尽量用闲置的GPU。
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5\ 查看cpu使用情况
  输入 top
  可以查看当前哪些用户，再用，分别占用cpu 多少， 是哪些命令占用比较多 
今天启动一个高负载的进程。我用top命令监控系统。发现cpu的占用比例常常显示120%以上。


我的机器是24cpu的。
经过在网上搜索，发现top命令显示的是占用的cpu总数。
即8cpu时top下cpu利用率最大可以到达800%。
如果你的进程利用了多个cpu，那么top命令显示的是多个cpu占用率的总和。
所以top命令下查看到的cpu利用率是可能超过100%的。
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6\ cat /proc/meminfo
内存使用率 查看 /proc/meminfo查看内存详细信息，也可以通过free 命令查看
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6\ cat /proc/net/dev
网络利用率 通过查看文件/proc/net/dev 可以了解，centos系统的网络使用情况跟windows的网络情况类似
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8/ Linux限制某些进程cpu占用率
使用apt-get更方便的安装
$ sudo apt-get  update
$ sudo apt-get install cpulimit
或手动安装如下
# cd  /tmp
# wget  'http://downloads.sourceforge.net/cpulimit/cpulimit-1.1.tar.gz'
# tar  cpulimit-1.1.tar.gz
# cd cpulimit-1.1
# make
# cp cpulimit  /usr/local/sbin/
# rm -rf cpulimit*


如何使用cpulimit?
限制firefox使用30% cpu利用率
# cpulimit -e firefox -l 30
限制进程号1313的程序使用30% cpu利用率
# cpulimit -p 1313 -l 30
根据进程名找出pid的方法
# ps aux | less
# ps aux | grep firefox
# pgrep -u vivek php-cgi
# pgrep lighttpd
可以使用绝对路径限制进程的cpu利用率
# cpulimit -P /opt/firefox/firebox -l 30
单核cpu和多核cpu
单核cpu的使用率范围为0%-100%,四核cpu的使用率范围为0%-400%.


相关工具
nice:以指定的优先级运行程序
renice:  调整以运行进程的优先级
适当调整其nice值： renice +10 `ps aux | awk '{ if ($3 > 0.8 && id -u $1 > 500) print $2}'
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查看谁访问服务器设置。


w 或者 who 查看登录的用户；


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tee
在执行Linux命令时，我们既想把输出保存到文件中，又想在屏幕上看到输出内容，就可以使用tee命令
要注意的是：在使用管道线时，前一个命令的标准错误输出不会被tee读取。
另：把标准错误也被tee读取
ls  2>&1 | tee ls.txt   该文件夹内会自动保存ls 出来的内容到 ls.txt 中，
./build/tools/caffe train --solver=./workgooglenet-32-64/config/model-googlenet-solver.prototxt 2>&1 | tee workgooglenet-32-64/info.txt
caffe 中的使用实例。
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grep  'old' ls.txt ，查找ls.txt中是否有old 字符串


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putty 关掉后， 程序继续跑。


新建一个窗口 该干嘛干嘛
screen -S copy
cp -r xx xx
然后ctrl + a + d 脱离 上面的会在后台运行
几个小时后
screen -r
或者
screen -r copy




--------安装常用的命令-----------------------------------------------------------
  　apt-cache search # ——（package 搜索包）       ---------------------  搜索所有的软件包，可以方便找到最新版本
　　apt-cache show #——（package 获取包的相关信息，如说明、大小、版本等）
　　sudo apt-get  install # ——（package 安装包）----------------------------------- 根据查到的版本，可以
　　sudo apt-get install # —–（package - - reinstall 重新安装包）
　　sudo apt-get -f install # —–（强制安装?#”-f = –fix-missing”当是修复安装吧…）
　　sudo apt-get remove #—–（package 删除包）
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从本服务器上访问另一个服务器  ssh zhangmeng@10.167.174.123   然后输入密码即可。
拷贝远程服务器192.168.1.112的目录/tmp/test到当前目录下。
[root@CentOS_Test_Server tmp]# scp -r root@192.168.1.112:/tmp/test ./

caffe部分

-------------加入环境变量，如果用户没加入到自己的环境变量，可以在这里设置--------------------
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda/lib64:./build/lib:$LD_LIBRARY_PATH


1、----------------训练模型---------------------------------------------------------
# train a model
./build/tools/caffe train --solver=./work/config/solver.prototxt 2>&1 | tee work/info.txt

使用所有gpu 

#!/usr/bin/env sh


./build/tools/caffe train --solver=work/LeNet/lenet_solver.prototxt   -gpu all  2>&1 | tee work/info.txt


2、----------------利用已有的模型，继续训练模型---------------------------------------------------------
# retrain a model
./build/tools/caffe train --solver=./work/config/solver.prototxt 2>&1 | tee work/info.txt


./build/tools/caffe train --solver=models/bvlc_reference_caffenet/solver.prototxt --snapshot=models/bvlc_reference_caffenet/caffenet_train_iter_10000.solverstate


3、----------------利用已有的模型，在自己的数据上继续训练模型---------------------------------------------
# retrain a model
caffe % ./build/tools/caffe train -solver models/finetune_flickr_style/solver.prototxt -weights models/bvlc_reference_caffenet/bvlc_reference_caffenet.caffemodel -gpu 0


参考官网：http://caffe.berkeleyvision.org/gathered/examples/finetune_flickr_style.html
http://nbviewer.ipython.org/github/BVLC/caffe/blob/master/examples/03-fine-tuning.ipynb 写Python脚本，分别测试两个网络，画出损失函数，得到对比结果


4、-----------------测试模型------------------------------------------------------------------------------------
# test a model
#./build/tools/caffe test --gpu 1 --iterations 5 --model ./work/config/model.prototxt --weights ./work/model/m__iter_3000.caffemodel


5、-----------------输入图像，利用训练好的模型，预测结果。---------------------------------------------
# test a model
#./build/tools/caffe test --gpu 1 --iterations 5 --model ./work/config/model.prototxt --weights ./work/model/m__iter_3000.caffemodel
/build/examples/cpp_classification/classification.bin \
 models/bvlc_reference_caffenet/deploy.prototxt \ 
models/bvlc_reference_caffenet/bvlc_reference_caffenet.caffemodel \ 
data/ilsvrc12/imagenet_mean.binaryproto \ 
data/ilsvrc12/synset_words.txt \ 
examples/images/cat.jpg 


The output should look like this:
 ---------- Prediction for examples/images/cat.jpg ---------- 0.3134 - "n02123045 tabby, tabby cat" 0.2380 - "n02123159 tiger cat" 0.1235 - "n02124075 Egyptian cat" 0.1003 - "n02119022 red fox, Vulpes vulpes" 0.0715 - "n02127052 lynx, catamount"


data/ilsvrc12/imagenet_mean.binaryproto  不需要这个的时候，改写examples/cpp_classification/classification.cpp 程序，把里面的该项去掉。重新编译即可。


6、-----------------获取 benchmark time------------------------------------------------------------
# get time benchmark
#./build/tools/caffe time --gpu=0 --model=work/config/model.prototxt 2>&1 | tee work/info.txt


7、-----------------提取特征------------------------------------------------------------
./build/tools/extract_features.bin models/bvlc_reference_caffenet/bvlc_reference_caffenet.caffemodel examples/_temp/imagenet_val.prototxt fc7 examples/_temp/features 10 lmdb


参考官网：http://caffe.berkeleyvision.org/gathered/examples/feature_extraction.html


8、------------------------由配置文件画网络结构图----------------


# sudo python python/draw_net.py examples/mnist/lenet_train_test.prototxt lenet.png --rankdir=BT


draw_net.py执行的时候带三个参数


第一个参数：网络模型的prototxt文件


第二个参数：保存的图片路径及名字


第二个参数：--rankdir=x , x 有四种选项，分别是LR, RL, TB, BT 。用来表示网络的方向，分别是从左到右，从右到左，从上到小，从下到上。默认为ＬＲ。
example2:
./python/draw_net.py \
    ./examples/siamese/mnist_siamese.prototxt \
    ./examples/siamese/mnist_siamese.png  --rankdir=BT
 sudo python python/draw_net.py workGooglenet/config/googlenet_model.prototxt googlenet_model.png --rankdir=BT
 sudo python python/draw_net.py workgooglenet-32-64/config/googlenet_model.prototxt workgooglenet-32-64.png --rankdir=BT
python python/draw_net.py models/bvlc_googlenet/train_val.prototxt googlenet1.png --rankdir=BT
9、----------------------画损失函数和准确率图------------------------------------------------------
cd caffe-master/python  运行 Python plot-loss.py ，
这里是根据配置文件，重新训练一次，然后把迭代过程的值保留下来，最后画出来；
plot-loss.py 中，
solver = caffe.SGDSolver('examples/cifar10/cifar10_quick_solver.prototxt')
如果不需要绘制曲线，只需要训练出一个caffemodel, 直接调用solver.solve()就可以了。如果要绘制曲线，就需要把迭代过程中的值保存下来，因此不能直接调用solver.solve(), 需要迭代。在迭代过程中，每迭代200次测试一次
niter =4000  迭代的次数
test_interval = 200   每迭代200次测试一次


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