PANDA pipeline的安装与使用-使用(5)实验室操作流程规范
来源:互联网 发布:端口聚合 编辑:程序博客网 时间:2024/05/19 21:03
目前处理所采用的流程:
1.首先是对输入源文件进行处理,DWI图像应当放到二级的文件夹目录下,按照不同人分类开。
2.接下来因为我们得到的T1图像一般是dicom格式的,所以需要利用utilities中的Dicom->NIfTI,生成nii或者Nii.gz格式的T1图像。
3.接下来利用Panda的full pipeline,DICOM PATH中选择路径,选择Result Path, 自定义设置Subject_IDs,设置Diffusion Opt(一般默认),设置tracking opt,选择Deterministic Fiber Tracking,设置Angle_Threshold为35°,选择网络节点定义,选择T1 images ,勾选设置f(skull removal),cropping_gap,和resample resolution,利用默认值。在Network Construction列表中勾选Deterministic,然后点击run ,点击yes就可以了。
4.观察status的变化,记录下failed的job,等到所有的status都变成finished或者failed就可以在输出列表中观察自己生成的结果了。
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