Fastq 格式说明 & (Phred33 or Phred64)
来源:互联网 发布:淘宝如何申请客服号 编辑:程序博客网 时间:2024/05/16 15:47
第四行:碱基质量字符,每个字符对应第二行相应位置碱基或氨基酸的质量,该字符可以按一定规则转换为碱基质量得分,碱基质量得分可以反映该碱基的错误率。这行的字符数与第二行中的字符数必须相同。字符与错误率的具体关系见下文介绍。
@SRR387514.1 ILLUMINA-C4D679_0049_FC:1:12:3317:1141 length=40
Phred计算许多与波峰大小和分辨率相关的参数,根据这些参数,从一个巨大的查询表中找出碱基质量得分。这个查询表是根据对已知序列的测序数据分析得到的(应该是分析得到波峰参数与碱基错误率的关系,再通过公式把错误率转换成质量得分,得到波峰参数与质量得分的直接对应表)。不同的测序试剂和机器用不同的查询表。为了节约磁盘空间,质量得分(可能占用两个字符)按一定规则(Phred+33或Phred+64)被转换为单个字符表示。
根据图3中Phred+33与Phred+64所使用的质量字符范围的不同,可以对fastq文件中质量得分的编码方式做出判断。图3中显示,ASCII值小于等于58(相应的质量得分小于等于25)对应的字符只有在Phred+33的编码中被使用,所有Phred+64所使用的字符的ASCII值都大于等于59。在通常情况下,ASCII值大于等于74的字符只出现在Phred+64中。利用这些信息即可在程序中进行判断。
文章末尾是一个对Phred+33或Phred+64做区分的perl脚本。
6. http://supportres.illumina.com/documents/myillumina/a557afc4-bf0e-4dad-9e59-9c740dd1e751/casava_userguide_15011196d.pdf
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