测序质量值的意义
来源:互联网 发布:石墨烯电池技术知乎 编辑:程序博客网 时间:2024/04/29 03:29
续上一篇,FASTQ格式的每第四行表示这条序列的质量值。用ACSII码表示。
测序仪一般是按照荧光信号来判断所测序的碱基是哪一种的,例如红黄蓝绿分别对应ATCG,因此对每个结果的判断都是一个概率的问题。
最初Sanger中心用Phred Quality Score来衡量该read中每个碱基的质量,Q=-10logP ,其中P代表该碱基被测序错误的概率,如果该碱基测序出错的概率为0.001,则Q应该为30,那么30+33=63,那么63对应的ASCii码为“?”,则在该碱基对应的质量值即“?”。
Solexa系列测序仪使用不同的公示来计算质量值:Q=-10log(P/1-P)
在测序质量较高时,这两个算法得到的Q值没有显著差异。如下图所示
不同测序平台,在表示质量值时选择的字符区段也有差异:
Sanger = Q+33;Solexa = Q+64
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