7.12.2008

 

PROFphd

1、 分割文件 split.cpp

#include <iostream>

#include <string>

#include <fstream>

#include <stdio.h>

#include <string.h>

#include <math.h>

#include   <sstream>

 

using namespace std;

 

int main()

{

    int name_num=0;

       

    ifstream infile("name_protein.txt");   //输入文件

    string line;

   

    ostringstream filename;                       //用来存储名字

   

        FILE *ofile;

        while(getline(infile,line))

        { 

         if(line[0]=='>')

              {  

            name_num++;

            filename<<name_num;

            ofile=fopen(filename.str().c_str(),"w"); //打开文件 文件命名为1、2、3等

            fprintf(ofile,"%s",line.c_str());

            fprintf(ofile,"/n");

              }

              else

              {

            fprintf(ofile,"%s",line.c_str());

            fclose(ofile);

            filename.str("");

           

            //free ofile;

        }

     }

     free(ofile);

}

运行成功后，生成乐16623个文件，在linux下可用下述命令统计文件数

 

ls -l ./split|wc –l    ##./split为存储所分割的文件的文件夹

 

2、 多序列预测

成功了！！！！！

mul_2.sh

#!/bin/bash

#dys

 

for ((i=1;i<=11;i++))

do

../../prof ./$i fileRdb="$i.out" sec //输入文件为"$i" , 输出为："$i.out"

done

注：文件目录为

--prof-tmp

 --prof

    --prof (可执行文件)

--e

 --split

    --mul_2.sh (多序列预测)

 

运行：

nohup sh ./mul_2.sh &

 

查看结果：

ls –l ./split >result   或者 vim ./split/*.out

 

 

>sljdie

AFEOIEJFFEJFKIEJF

FOEJOIFEI

>jeojfij

SJOEJFEJFEIJ

JEOJWOJFLWJ

>feijfowji

FOEJIFJEIFJ

整行替换：

> 

AFEOIEJFFEJFKIEJF

FOEJOIFEI

> 

SJOEJFEJFEIJ

JEOJWOJFLWJ

> 

FOEJIFJEIFJ

 

 

 

 

 

------------à

 

 

 

 

 

command：sed 's/^>.*/>/g' file > result