Linux Mint下ODBC连接mysql

R语言可通过ODBC驱动操作数据库。但是前提是操作系统中已经安装了ODBC驱动管理器和ODBC驱动。由于使用的Mint系统，unixODBC和mysql odbc驱动均无法通过apt命令直接安装。所以下面介绍源码安装的过程和可能出现的问题，mysql的安装和配置略过。

安装ODBC驱动管理器unixODBC

1. 下载unixODBC源码tar包
   网址：http://www.unixodbc.org/
2. 解压：$ tar -zxvf unixODBC-2.3.4.tar.gz

3. 编译，安装 :

   $ cd unixODBC-2.3.4$ ./configure$ make$ make install

   如果make install报Permission denied错误, 使用root权限再执行一遍. 安装成功后在/usr/local/etc/目录下会有目录ODBCDataSources和两个配置文件odbc.ini和odbcinst.ini.

安装mysql ODBC驱动

1. 下载mysql ODBC驱动二进制tar包
   地址：https://dev.mysql.com/downloads/connector/odbc/。网站会根据系统自动匹配兼容的版本， 我的Mint匹配的是Linux-Generic。下载后可按照https://dev.mysql.com/doc/connector-odbc/en/connector-odbc-installation-binary-unix-tarball.html上的安装教程安装。如果不想看了也可以继续看我的。。。

2. 解压

   $ tar -zxvf mysql-connector-odbc-5.3.7-linux-glibc2.5-x86-64bit.tar.gz

3. 复制lib和bin中内容到/usr/local/bin 和 /usr/local/lib中

   $ cd mysql-connector-odbc-5.3.7-linux-glibc2.5-x86-64bit$ cp bin/* /usr/local/bin$ cp lib/* /usr/local/lib

   其中lib目录中包含libmyodbc5a.so和libmyodbc5w.so。其中5a结尾的是ANSI版本驱动，5w结尾的是unicode版本驱动。可以两个都复制也可以只复制一个。

4. 向ODBC管理器注册ODBC驱动

   $ myodbc-installer -a -d -n "MySQL ODBC 5.2 Driver" -t "Driver=/usr/local/lib/libmyodbc5w.so"$ myodbc-installer -a -d -n "MySQL ODBC 5.2 Driver" -t "Driver=/usr/local/lib/libmyodbc5a.so"

   分别注册unicode版本和ANSI版本驱动。不成功的话使用root权限再次尝试。成功后会有如下提示：
   Success : Usage count is x

5. 查看已注册的ODBC驱动

   $ myodbc-installer -d -l

配置数据源

1. 在odbc.ini文件中直接配置数据源

   $ sudo vi /usr/local/etc/odbc.ini

   我配置的数据源如下：

   [ODBC Data Sources]
   Mysql = MyODBC 3.5.7 Driver DSN

   [Mysql]
   Driver = /usr/local/lib/libmyodbc5w.so
   Description = Connector/ODBC 5.3.7 Driver DSN
   SERVER = 127.0.0.1
   PORT = 3306
   USER = root
   Password = mysql
   Database = algorithm
   OPTION = 3
   SOCKET =

   [Default]
   Driver = /usr/local/lib/libmyodbc5a.so
   Description = Connector/ODBC 3.51 Driver DSN
   SERVER = localhost
   PORT = 3306
   USER = root
   Password = mysql
   Database = algorithm
   OPTION = 3
   SOCKET = /var/run/mysqld/mysqld.sock

   其中Mysql为通过tcp连接数据库，需确保配置的数据库用户有相应连接权限。Default为通过本地socket连接数据库，需指定socket文件位置。若SOCKET配置为空则默认为/tmp/mysql.sock。但是我的mysql的socket文件位置在/var/run/mysqld/mysqld.sock，因此需配置。登录mysql后使用status命令可查看socket文件位置。

2. 设置环境变量

   $ export ODBCINI=/usr/local/etc/odbc.ini$ export ODBCSYSINI=/usr/local/etc

3. 测试数据源

   $ isql Mysql -v$ isql Default -v

   分别测试了Mysql数据源和Default数据源，若出现Connected!字样的信息则说明连接成功。

问题

虽然可以成功连接数据库了，但是仍有些问题没有很清楚。不过目的是让R能够通过ODBC访问数据库，其他问题先记录下来：
1. ANSI版本驱动和unicode版本驱动的详细意义没有搞清楚。
2. odbcinst.ini文件的作用是什么？
3. myodbc-installer命令各项参数的意义和odbc.ini文件中的某些配置项的意义没搞明白。