写一个Perl包来负责流程调用软件

Perl流程中会涉及到很多软件的调用，如果直接把软件的路径写到主程序中，可以执行（my$blastall="/opt/blc/genome/bin/blastall"; ）；但是碰到复杂的流程时，其中的软件调用很多时，我们一个个写软件的路径也是可以执行的，但是如果软件的路径不存在了，或者软件更新了，那么麻烦就来了，要重头到尾找软件的路径并修改；

现在有一个解决方法，就是将软件的路径写入到一个文件config.txt中，我们只需要在主程序中调用这个文件即可；如何实现呢？就涉及到Perl包的应用；

### software path ####

formatdb=/opt/blc/genome/bin/formatdb  
blastall=/opt/blc/genome/bin/blastall  
muscle=/opt/blc/genome/bin/muscle

package  Soft;  
use strict;  
require Exporter;  
our @ISA = qw(Exporter);  
our @EXPORT = qw(parse_config);  
##parse the software.config file, and check the existence of each software  
################################################  
  
sub parse_config{  
        my ($config,$soft)=@_;  
        open IN,$config || die;  
        my %ha;  
        while(<IN>){  
                chomp;  
                next if /^#|^$/;  
                s/\s+//g;  
                my @p=split/=/,$_;  
                $ha{$p[0]}=$p[1];  
        }  
        close IN;  
        if(exists $ha{$soft}){  
                if(-e $ha{$soft}){  
                        return $ha{$soft};  
                }else{  
                         die "\nConfig Error: $soft wrong path in $config\n";  
                }  
        }else{  
                die "\nConfig Error: $soft not set in $config\n";  
        }  
}  
1;         

 那么怎么用这个package呢？
可以像正常的module调用那样，use module;
示例如下：
[plain] view plain copy
#! /usr/bin/perl -w  
use strict;  
use FindBin qw($Bin $Script);  
use lib $Bin;  
use Soft;  
......  
......  
my $config="$Bin/config.txt";  
my $blastall=parse_config($config,"blastall");  
......   

这样在流程中，看起来似乎多了许多行，但是这个package可以在不同的流程中反复调用，你只需要做好两件事情：
1，把Soft.pm 放到一个适当的位置，如果是调用流程的相对路径，就要用FindBin 模块，如果直接是一个固定的路径，可以这么写：
[plain] view plain copy
#! /usr/bin/perl -w  
use strict;  
use lib 'home/lxf/';  
use Soft;  
......  
......  
my $config="home/lxf/config.txt";  
my $blastall=parse_config($config,"blastall");  
......  

转载自http://blog.csdn.net/hugolee123/article/details/38647011#