perl 多线程及信号控制

[plain] view plain copy

 

1. #!/usr/bin/perl  
2. use strict;  
3. use warnings;  
4. use threads;  
5. use Thread::Semaphore;  
6.   
7. my $max_thread = 5;  
8. my $semaphore = Thread::Semaphore->new($max_thread);  
9.   
10. sub TestFun  
11. {  
12.     $semaphore->up();  
13. }  
14.   
15. for(my $index = 1; $index <= 10; $index ++)  
16. {  
17.     $semaphore->down();  
18.     my $thread = threads->create(\&TestFun);  
19.     $thread->detach();  
20. }  
21.   
22. WaitQuit();  
23.   
24. <pre name="code" class="plain">sub WaitQuit  
25. {  
26.     my $num = 0;  
27.     while($num < $max_thread)  
28.     {  
29.         $semaphore->down();  
30.         $num ++;  
31.     }  
32. }  

[plain] view plain copy

 

1. #!perl  
2. use warnings;  
3. use strict;  
4. use threads;  
5. use Thread::Semaphore;  
6.   
7. die "perl $0 <thread> <blastConfig> <pep || dna>  
8. perl $0 3 blast.config dna\n" if @ARGV != 3;  
9.   
10. my $max_thread = $ARGV[0];  
11. my $semaphore = Thread::Semaphore->new($max_thread);  
12.   
13. mkdir "compliantFasta";  
14. chdir "compliantFasta";  
15.   
16. open FA, "../$ARGV[1]" or die $!;  
17. while(<FA>)  
18. {  
19.     chomp;  
20.     my @tmp = split;  
21.   
22.     $semaphore->down();  
23.     my $thread = threads->create(\&adjust, $tmp[0], $tmp[1]);  
24.     $thread->detach();  
25. }  
26.   
27. &wait;  
28.   
29. chdir "..";  
30. my $len = 0;  
31. my ($type, $p);  
32. if($ARGV[2] =~ /dna/i)  
33. {  
34.     $len = 30;  
35.     $type = "F";  
36.     $p = "blastn";  
37. }elsif($ARGV[2] =~ /pep/i){  
38.     $len = 10;  
39.     $type = "T";  
40.     $p = "blastp";  
41. }  
42.   
43. `orthomclFilterFasta compliantFasta $len 20`;  
44. `formatdb -i goodProteins.fasta -p $type`;  
45. mkdir "splitBlast";  
46. `perl split_fasta.pl goodProteins.fasta 8 splitBlast/blast`;  
47. my @blast = `ls splitBlast/*`;  
48. my $sp2 = Thread::Semaphore->new(8);  
49. foreach my $i(@blast)  
50. {  
51.     chomp($i);  
52.     $sp2->down();  
53.     my $thread = threads->create(\&blast, $i, $p, $ARGV[0]);  
54.     $thread->detach();  
55. }  
56.   
57. &wait2;  
58.   
59. `cat splitBlast/*.out > all.blast`;  
60. `orthomclBlastParser all.blast compliantFasta > similarSequences.txt`;  
61. `rm all.blast -rf`;  
62.   
63. sub blast  
64. {  
65.     my ($f, $t, $p) = @_;  
66.     `blastall -p $t -i $f -d goodProteins.fasta -m 8 -F F -b 1000 -v 1000 -a $p -o $f.out`;  
67.     $sp2->up();  
68. }  
69.   
70. sub wait2  
71. {  
72.     my $num = 0;  
73.     while($num < 8)  
74.     {  
75.         $sp2->down();  
76.         $num ++;  
77.     }  
78. }  
79.   
80. sub adjust  
81. {  
82.     my ($label, $path) = @_;  
83.     `orthomclAdjustFasta $label $path 1`;  
84.     $semaphore->up();  
85. }  
86.   
87. sub wait  
88. {  
89.     my $num = 0;  
90.     while($num < $max_thread)  
91.     {  
92.         $semaphore->down();  
93.         $num ++;  
94.     }  
95. }