sratoolkit_fastq-dump

来源：互联网发布：西门子s7 200编程软件编辑：程序博客网时间：2024/06/03 09:04

软件包下载：

wget ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz

解压：

tar-xzf sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz

运行程序在解压文件夹中的bin文件夹中：

ps：在运行程序之前，先检查linux系统的GLIBC的版本。本人下载的软件需要GLIBC 2.7。

若系统中GLIBC不匹配，会提示libc.so.6: version `GLIBC_2.7' not found，需自己下载安装较新的版本。

运行命令：

1）简单地转换：..../fastq-dump..../srafile.sra直接将sra转为fastq

2）单端测序：..../fastq-dump --fasta ..../srafile.sra

3）双端测序：..../fastq-dump --split-3 ..../srafile.sra 生成两个子文件

4）直接下载文件：..../fastq-dump -X -Y dataaccession 根据数据编号可直接从NCBI上下载数据，-X接显示的行数，-Y标准输出

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