ZOJ 1102 Phylogenetic Trees Inherited (My algorithm , Time limit exeeded)

2. #include<iostream>
3. #include<string>
5. using namespace std;
6. int n, l;
7. string s[1025];
8. int cnt[1025][26];
9. string result;
11. inline bool input()
12. {
13.     cin>>n>>l;
14.     if ( !n && !l ) return false;
15.     for (int i=1; i<=n; i++)
16.         cin>>s[i];
17.     return true;
18. }
20. inline void count(int i)
21. {
22.     for (int k=0; k<26; k++)
23.         cnt[0][k] = 0;
24.     
25.     for (int j = 1; j <= n; j++)
26.     {
27.         for (int k=0; k<26; k++)
28.             cnt[j][k] = cnt[j-1][k];
29.         cnt[j][s[j][i] - 'A']++;
30.     }
31. }
33. int solve(int s, int t, int pIdx)
34. {   
35.     int diff = 0;
36.     int count[26];
37.     int max = cnt[t][pIdx] - cnt[s-1][pIdx], idx = pIdx;
38.     for (int j=0; j<26; j++)
39.     {
40.         count[j] = cnt[t][j] - cnt[s-1][j];
41.         if (max < count[j]){
42.             max = count[j];
43.             idx = j;
44.         }
45.     }
46.     if (idx != pIdx) diff++;
47.     if ( s==t ) return diff;
49.     int min = 90000;
50.     for (int i=0; i<26; i++)
51.     {
52.         if (count[i] != max) continue;
53.         int d = 0;
54.         d += solve( s, (s+t)/2, i);
55.         d += solve( (s+t+1)/2, t, i);
56.         if ( d < min ) min = d;
57.     }
58.     return diff + min;
59. }
61. int main()
62. {
63.     while (input())
64.     {
65.         int diff = 0; 
66.         result = "";
67.         for (int i=0; i<l; i++)
68.         {
69.             count(i);
70.             int max = -1, idx = -1;
71.             for (int j=0; j<26; j++)
72.                 if (cnt[n][j] > max ){
73.                     max = cnt[n][j];
74.                     idx = j;
75.                 }
76.             int min = 90000;
77.             for (int j = 0; j<26; j++)
78.             {
79.                 if (cnt[n][j] != max) continue;
80.                 int d = solve(1, n, idx);
81.                 if (d < min){
82.                     min = d;
83.                     idx = j;
84.                 }
85.             }
86.             result += (char)(idx + 'A');
87.             diff += min;
88.         }
89.         cout<<result<<" "<<diff<<endl;
90.     }
91. }