detectMITE 安装以及使用

detectMITE 安装以及使用

　　安装之前需要安装两个其他软件。第一个就是matlab,第二个是cd-hist.

1、matlab的安装

下载好之后：

第一步是挂载iso文件

mount -o loop Matlab801_MacUnix.iso /mnt/

第二步是安装

cd /mnt/./install -mode silent -agreeToLicense yes -fileInstallationKey 09806-07443-53955-64350-21751-41297 -licensePath /data2/masw_data/crack/Matlab_R2016a_glnxa64.lic -tmpdir /data2/masw_data/crack/

第三步是编辑activate.ini文件

isSilent=true #开启silent模式activateCommand=activateOffline #设置激活方式, 离线激活 无需联网licenseFile=/pathto/license.lic #license文件位置

最后一步是执行激活命令

bin/activate_matlab.sh -propertiesFile /pathto/activate.iniumount /mnt/  #解除挂载

2、安装cd-hist

tar xvf cd-hit-v4.6.1-2012-08-27.tgz ./mv cd-hit-v4.6.1-2012-08-27 cd-hitcd ./cd-hit  # 记得改名字makecd ..mkdir result

3、detectMITE

下载之后就解压就可以了。

进入detectMITE目录，输入下列命令

matlab #进入matlab >> cd     #输入cd 查看工作目录，一般都是当前目录，/data1/masw/detectMITE>> tic;do_MITE_detection('/data2/Fshare/FastaAndIndex/IWGSC_v1.0_bwa/161010_Chinese_Spring_v1.0_pseudomolecules.fasta','-genome','wheat');runtime = toc;