snpEff如何创建自己的数据库

snpEff是最常见的vcf格式注释工具，在使用过程中我们常常需要使用自己的数据库进行配置。

一、snpEff提供的可供下载的数据库：

      通过运行以下命令：

      java -jar snpEff.jar databases

      得到可下载的数据库列表，若没有可用的，则需要自己进行编译。

二、编译生成自己的数据库：

（1）修改配置文件snpEff.config，以Citrus物种的Clementina_182文件配置为例：

         gedit snpEff.config，加入以下两行：

         #Citrus genome,version Clementina_182        Clementina_182.genome:Citrus

       保存，并退出。

（2）在snpEff文件夹下创建data文件夹，并在data文件夹下创建genomes和Clementina_182两个文件夹；

         将参考序列文件放在genomes文件夹下，并改名为Clementina_182.fa；

         将gff格式的注释文件放在Clementina_182文件夹下，改名为genes.gff；

         将参考序列的*protein.fa文件放在Clementina_182文件夹下，改名为protein.fa；
（3）回到snpEff目录下，进行build编译：

         java -jar snpEff.jar build -gff3 -v Clementina_182

三、对vcf格式文件进行注释：

      进入到待处理文件test.vcf文件目录下，运行以下命令：

      java -Xmx15g -jar PATHto/snpEff/snpEff.jar Clementina_182 test.vcf > test.eff

      执行完成，在当前目录得到snpEff_genes.txt、snpEff_summary.html和test.eff三个文件。