hdu poj 1080 Human Gene Functions LCS 动态规划

来源：互联网发布：网络新媒体的传播特征编辑：程序博客网时间：2024/05/30 23:20

题意：给定两DNA序列，在序列中任意位置可以插入-和另外一个碱基匹配，每种匹配有个分值，求匹配的最大分值

思路：用dp[I][j]代表放a中第I个，与放b中第j个字符时的最大分值。

什么都不放dp[0][0]=0

在a前面加上与b长度相同的‘-’，与b全部匹配

dp[0][I]=dp[0][I-1]+map[4][a[I-1] (1=<I<=b.size)

在b前面加上与a长度相同的'-'，与a全部匹配

dp[I][0]=dp[I-1][0]+map[4][b[I-1] (1=<I<=a.size)

#include<cstdio>#include<cstring>#include<string>#include<iostream>using namespace std;const int maxn =110;int a[maxn],b[maxn];int l1,l2;int map[5][5]={{5,-1,-2,-1,-3},//A 0 ,C 1,G 2 T 3 , - 4{-1,5,-3,-2,-4},{-2,-3,5,-2,-2},{-1,-2,-2,5,-1},{-3,-4,-2,-1,0}};int dp[maxn][maxn];int Max(int a,int b,int c){int d=a>b?a:b;int e=c>d?c:d;return e;}int main(){int t;char c;while(scanf("%d",&t)!=EOF){while(t--){memset(dp,0,sizeof(dp));scanf("%d",&l1);getchar();for(int i=0;i<l1;i++){scanf("%c",&c);if(c=='A')a[i]=0;if(c=='C')a[i]=1;if(c=='G')a[i]=2;if(c=='T')a[i]=3;if(c=='-')a[i]=4;}scanf("%d",&l2);getchar();for(int i=0;i<l2;i++){scanf("%c",&c);if(c=='A')b[i]=0;if(c=='C')b[i]=1;if(c=='G')b[i]=2;if(c=='T')b[i]=3;if(c=='-')b[i]=4;}dp[0][0]=0;for(int i=1;i<=l1;i++)dp[i][0]=dp[i-1][0]+map[4][a[i-1]];for(int i=1;i<=l2;i++)dp[0][i]=dp[0][i-1]+map[4][b[i-1]];int x1,x2,x3;x1=x2=x3=0;for(int i=1;i<=l1;i++)for(int j=1;j<=l2;j++){x1=dp[i-1][j]+map[4][a[i-1]];x2=dp[i][j-1]+map[4][b[j-1]];x3=dp[i-1][j-1]+map[a[i-1]][b[j-1]];dp[i][j]=Max(x1,x2,x3);}printf("%d\n",dp[l1][l2]);}}}

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