16S rRNA&rDNA测序分析

16SrRNA/rDNA测序分析，qiime操作，linux命令，系统发育树构建，venn图，heatmap热图，主分析RDA（Redundancyanalysis），典范对应分析CCA等R语言作图

网易云课堂上有视频讲解。

16S rRNA&rDNA测序分析
第一节-OTU概述-qiime安装

1.1 16s 测序

16SrRNA为核糖体的RNA的一个亚基，16SrDNA就是编码该亚基的基因。

16S rRNA 基因是编码原核生物核糖体小亚基的基因，长度约为1542bp，其分子大小适中，突变率小，是细菌系统分类学研究中最常用和最有用的标志。、

1.2 测序区域

由于16S rDNA较长（1.5kb），考虑到测序平台的读长限制，我们只能对可变区进行测序。16srDNA包含有9个可变区，分别是v1-v9。一般我们对v3，v3-v4和v6可变区域进行扩增和测序。可以了解环境样品(土壤、肠道、海洋)中细菌的种类和丰度。

1.3 OTU (operational taxonomic units)

即分类操作单元，是在微生物多样性研究时，为了便于进行分析，人为设定的一个分类单元。通常使用rDNA序列相似性的阈值来将微生物聚类为不同的OTUs。

1.4 为什么要进行OTU聚类？

1. 每个OTU（97%）在种属级别上对应一个种（species）；

2. 每个OTU挑选出一个代表序列参与后续分析，节约了计算量；

3. 减少错误序列的影响（错误序列与其本源序列较为相似，会聚成一个OTU）。

第二节QIIME安装

一、下载安装Windows版本的Virtual Box 

http://qiime.org/install/virtual_box.html 

http://qiime.org/

1）重启电脑按ENTER键退出启动

2）按F9或者F10或者F1启动BIOS（看屏幕说明，因电脑而不同）

3）选择Config,选择Virtualization Technology，按回车 或者选择security，选择Virtualization Technology ，按回车（因  电脑而不同）

4）选择Enabled，按回车

5）按F10，选择YES，按回车

注意：原装win10需要启动设置才能进入BIOS系统

二、下载qiime 的镜像文件http://qiime.org/home_static/dataFiles.html

三、 打开VirtualBox，创建虚拟机，即点“新建”按钮，选择Ubuntu（64bit）系统，点击下一步。

四、RAM 至少4G，可根据电脑硬件配置适当的分配多些，服务器可分配64G，然后点击下一步。

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五、硬盘分配，选择“使用已有的虚拟硬盘文件”，并浏览第2步下载解压后得到的.vdi 文件，点击创建；创建完成后，点击启动即可

六、为了方便使用，需要分配一个共享空间，可以把电脑中的数据共享到虚拟机中。首先需要为virtualbox 安装增强功能，安装好“增强功能”后，进行共享文件夹的设置，测试：print_qiime_config.py –t