Linux与生物信息（第一章——Linux常用命令）

（网易云课堂，腾讯课堂生物信息讲师，高级生物信息工程师）

第一章——Linux常用命令

1. 目录和文件管理

1.1目录相关

1.1.1 mkdir(make directory)

功能说明：建立目录

语 法：mkdir [-p] <dir1 [dir2 …]>

参 数：-p 若所要建立目录的上层目录目前尚未建立，则会一并建立上层目录。

Example ：mkdirtestdir

mkdir -p newdir/childdir

1.1.2 rmdir(remove directory)

功能说明：删除（空）目录

补充说明：该命令只能删除空目录，若要删除非空目录，请使用rm –r dirname

语 法：rmdir [-p] <dir1 [dir2…]>

参 数：-p删除指定目录后，若该目录的上层目录已变成空目录，则将其一并删除。

Example ：rmdirtestdir

rmdir -p childdir

1.1.3 ls(list)

功能说明：列出目录内容

语 法：ls [-alhtr]<file/dirname>

参 数：-a 显示目录下所有文件和目录（显示隐藏文件和目录）。

-l 显示文件/目录详细信息，每行显示一个文件/目录。

-h 文件大小按’K’，’M’，’G’，来显示（需要加 -l 参数）。

-t 用文件和目录的更改时间排序。

-r 反向排序

Example ：ls -a dirname

ls -lh dirname

ls -ltr dirname

补充说明：ll 并不是linux 下的基本命令，实际上是ls–l 的一个别名（缩写），别名可在~/.bashrc中使用alias定义，

如alias ll=’ls –l’

1.1.4 cd(change directory)

功能说明：切换目录

语 法：cd <dirname>

Example ：cd /path/dirname/

特殊例子：cd / 转换到根目录

cd ~ 转换到家目录（即/home/yourname/）

cd ../ 转换到上一级目录

cd - 转换到上一次cd前所在的目录

1.1.5 pwd(print working directory)

功能说明：显示工作目录绝对路径

语 法：pwd

Example ：pwd

特殊目录的表示：

/ 根目录

~ 家目录

./ 当前目录

../ 上一级目录

特殊说明：linux 下以”.”开头的文件名为隐藏文件，使用ls -a时才会显示

1.2 文件处理

1.2.1 touch

功能说明：创建一个空文件或者更改文件修改时间

语 法：touch <filename>

Example ：touchnewfile 创建一个名为newfile的空文件

1.2.2 cp(copy)

功能说明：复制文件或目录

语 法：cp [-r] <source file/dirname> < destination file/dirname>

参 数：-r/-R 将一个目录及目录内所有文件复制到另一个目录

Example ：cp file1file2 将file1复制并重命名为file2

cp file1 file2 dirname/ 将file1，file2复制到一个目录下

cp -r dir1 dir2 若dir2已存在，dir1复制到dir2下，若不存在，dir1复制并重命名为dir2

1.2.3 mv(move)

功能说明：移动或更名现有的文件或目录。

语 法：mv <source file/dirname> < destinationfile/dirname>

Example ：mv file1file2 将file1重命名为file2

mv file1 file2 dirname/ 将file1，file2移动到dirname/目录下

mv dir1 dir2 若目录dir2已存在，dir1移动到dir2下，若dir2不存在，dir1移动并重命名为dir2

1.2.4 rm(remove)

功能说明：删除目录或文件

语 法：rm [-r] <file1/dir1 [file2/dir2 …]>

参 数：-r/-R 删除目录和该目录下的所有文件

Example ：rm file1 [file2 …] 删除file1[file2 …]

rm -r dir1 [dir2 …] 删除dir1 [dir2 …] 目录及目录下所有文件

1.2.5 less

功能说明：查看文件内容

语 法：less [-SN] <file1 [file2 …]>

参 数：-S 每行不显示长于屏幕宽度的字符（默认显示在下一行）

-N 显示行号

Example ：less -S file

less -SN file

补充说明：使用less 打开文件后，使用ctrl+u向上翻页，ctrl+d向下翻页，/pattern可以进行向下匹配查找，?pattern

可以进行向上匹配查找。使用“q”退出。

1.2.6 more

功能说明：显示文件内容

语 法：more <file1 [file2…]>

Example ：more file

补充说明：使用more 显示文件内容后，"enter"往下移动一行，使用空格键“space”向下翻页，使用“q”退出

1.2.7 head

功能说明：显示文件开头部分

语 法：head [-n] <file1 [file2…]>

参 数：-n <number> 显示文件头number行的内容（默认显示头10行）

Example ：headfile 显示file文件的头10行的内容

head -n 100 file 显示file文件头100行的内容

1.2.8 tail

功能说明：显示文件末尾部分

语 法：tail [-n] <file1 [file2…]>

参 数：-n <number> 显示文件末尾number行的内容（默认显示末尾10行）

Example ：tail file 显示file文件的末尾10行的内容

tail -n 100 file 显示file文件末尾100行的内容

1.2.9 cut

功能说明：显示文件每行指定范围的字符

语 法：cut [-cdf] <file>

参 数：-c num1-num2，显示每行从开头算起第num1到num2的字符

-d 指定域分割符，默认“\t”

-f num1-num2，显示每行从开头算起第num1到num2的域

Example ：cut -c 1-10 file 显示文件file每行开头的10个字符

cut -f 1-10 file 显示文件file每行开头10列（以“\t”分割）

cut -d “ ” -f 2 显示文件file第二列（以空格分割）

1.2.10 cat（concatenate）

功能说明：将文件连接后显示到标准输出（或使用“>”重定向到其他文件）

语 法：cat [-n] <file [file2…]> [> newfile]

参 数：-n 在文件内容前加行号显示

Example ：catfile 将file文件的内容显示到屏幕。

cat -n file > newfile 将file内容加行号后重定向到newfile中。

cat file1 file2 > newfile 将file1和file2的内容重定向到newfile。

cat file1 file2 >> file 将file1和file2的内容追加到file文件的末尾。

cat > file

new word

生成file文件并将“new word”添加到文件中。

1.2.11 ln（link）

功能说明：链接目录或文件

语 法：ln [-s] <source file/dirname> [file/dirname]

参 数：-s 对目标文件进行符号链接而非硬链接

Example ：ln -s file1 file2 将file1链接为file2（注：file2必须不存在）

ln -s file1 file2 dirname/ 将file1和file2链接到dirname/下