Circos 教程___001

安装篇

官方安装指导资料
寂寞先生___Circos教程系列

由于官方文档基于 Ubuntu和windows给出安装指导，而我平时使用的系统CentOS6.5，所以不得不进行如下操作：

perl -v### This is perl, v5.10.1 (*)  which perl### /usr/bin/perlsudo yum install gd gd-devel#查看哪些模块需要被安装cd software/circos-0.69-5/bin./list.modules #或者查看哪些模块未被安装circos -modules |grep missing### missing            Params::Validatesudo perl -MCPAN -e shell#安装缺失的模块cpan> install Params::Validatecpan> install Module::Build#同时安装多个缺失模块cpan> install Carp Config::General Cwd Data::Dumper Digest::MD5 File::Basename File::Spec::Functions File::Temp FindBin Font::TTF::Font GD GD::Image Getopt::Long IO::File List::MoreUtils List::Util Math::Round Math::Trig Math::VecStat Memoize Params::Validate Pod::Usage POSIX Readonly Regexp::Common Statistics::Basic Storable Sys::Hostname Text::Balanced Text::Format Time::HiRescpan>#由于cpan下安装Params::Validate还是安装失败，可能是依赖关系导致的？#之后就卸载了该模块，重新用yum安装了，很神奇，I MADE IT!!!sudo yum search perl-Params-Validatesudo yum install perl-Params-Validate.x86_64#环境变量的设置echo 'export PATH="/path/software/circos-0.69-5/bin:$PATH"' >> ~/.bash_profile#成功之后,运行命令,如果显示如下的信息，则你成功的安装了Circos。circos -man

perl 一些基本命令

#列出每个安装的模块的信息perldoc perllocal#列出安装的模块perldoc -t perllocal |grep "Module"#查看perl模块使用的默认位置perl -V#查看所有模块和库的安装目录perl -e 'print join "\n",@INC'#删除已安装的perl模块（1）##找到所有模块和库的安装目录，到这些目录下找到对应的pm删除掉就可以了#删除已安装的perl模块（2）##首先安装模块App::pmuninstallcpan> install App::pmuninstall#再利用此模块中的工具卸载模块，但此工具仅支持部分模块的卸载pm-uninstall Params::Validate#获得帮助　 cpan> h　 #列出CPAN上所有模块的列表　 cpan> m　 #根据关键字在CPAN上查找某个模块：cpan> i /scws/#退出　 cpan> q　

未完待续~