如何从NCBI下载SRA数据

来源：互联网发布：修复tf卡数据编辑：程序博客网时间：2024/06/11 22:25

经常需要在GEO中下载测序数据原始文件，得到sra编号之后，有两种方法下载：
一、可以通过在ebi（http://www.ebi.ac.uk/）中搜索SRA编号，然后用aspera直接下载fastq文件，详情参考本博客《Chip-seq流程报告》
二、然而有的数据在ebi上并没有提供fastq文件，这个时候就只能下载SRA文件，然后用sratoolkit中的fastq-dump进行转换
后文将详细介绍第二种方法
1、首先，进入GEO，以GSM2309041这套数据为例，找到需要的sra数据，SRX2159543
2、然后在GEO profile中搜索SRX2159543
点击：如下图所示：

点击Download data

4、右击鼠标，选择“复制下载链接”。

进入Linux下载。
5、

wget ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByExp/sra/SRX/SRX215/SRX2159543/SRR4238252/SRR4238252.sra

或者使用aspera下载（最后那个.表示下载到当前目录）

ascp -QT -l 100M -i ~/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByExp/sra/SRX/SRX215/SRX2159543/SRR4238252/SRR4238252.sra .

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