Aspera从NCBI下载原始数据
来源:互联网 发布:mac输入法 u 编辑:程序博客网 时间:2024/06/05 23:39
1.下载并安装:
wget http://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.7.2/aspera-connect-3.7.2.141527-linux-64.shsh aspera-connect-3.7.2.141527-linux-64.sh
把一些输入文件放到主目录:
cp ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.putty ~/cp ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh ~/
并将程序链接到环境变量里:
ln -sf /home/zqyang/.aspera/connect/bin/* ~/bin/
2.使用匿名账号直接下载数据:
ascp -k 1 -l 100M -i ~/asperaweb_id_dsa.openssh -T anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/SRP/SRP040/SRP040251/SRR1197490/SRR1197490.sra .
3.批量下载:
将数据整理成一个文件file_list.txt 中,文件内容例如:
sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/SRP/SRP040/SRP040251/SRR1197490/SRR1197490.srasra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/SRP/SRP040/SRP040251/SRR1197491/SRR1197491.srasra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/SRP/SRP040/SRP040251/SRR1197492/SRR1197492.sra(每行一个路径)nohup ascp -i ~/asperaweb_id_dsa.openssh --mode recv --host ftp.ncbi.nlm.nih.gov --user anonftp --file-list file_list.txt ./ &
4.SRA文件如何找到链接:
去该网址下面找到SRR文件:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/public/
阅读全文
0 0
- Aspera从NCBI下载原始数据
- Aspera从NCBI下载基因组数据
- 使用Aspera从EBI或NCBI下载基因组数据modified
- 用Aspera connect从NCBI上下载SRA格式数据
- 使用Aspera从EBI或NCBI下载基因组数据
- 使用Aspera从NCBI或EBI高速下载数据
- 使用Aspera从EBI或NCBI下载基因组数据(转)
- 从NCBI批量下载序列
- 如何从ncbi上下载sra数据
- 如何从NCBI下载SRA数据
- 如何从NCBI下载SRA数据
- 批量从NCBI后台下载指定数据的Perl脚本
- 批量从NCBI后台下载指定数据的Perl脚本
- 怎么批量从NCBI上下载基因序列
- 从一个URL下载原始数据,基于byte字节
- 从一个URL下载原始数据,基于byte字节
- Android从一个URL下载原始数据,基于byte字节
- 使用速铂Aspera下载NGS数据
- 心理学家:万变世界中不变的七大超强神秘命运法则,第4条最受益
- Voliate为什么不是原子性
- 常见HTTP状态码(200、301、302、500等)解说
- Unity3D 之快捷键
- 图穷匕见
- Aspera从NCBI下载原始数据
- WebView与ListView滑动冲突——(一)事件基础篇
- 深入理解LCT
- jQuery插件开发精品教程,让你的jQuery提升一个台阶
- 美团2017校招-最长公共连续子串
- 配置完xadmin源码包后启动报错“ Apps aren't loaded yet.”
- 1001. A+B Format (20)
- 没钱的时候,我们可以先做好这些投资
- 机器学习——感知机总结