【利用perl的基因数据处理】复杂数据结构：矩阵 and Edit Distance Matrix

在perl语言中，没有对矩阵数据结构的的内设，在序列比对中，有很多矩阵的使用场景，比如编辑距离矩阵，匹配得分矩阵等，要使用perl语言表达这些矩阵，首先要进行矩阵数据结构的定义或者矩阵数据结构的表达;

一、矩阵数据结构

1、矩阵数据结构的定义在perl语言中，是使用复杂的索引组合方式来定义的，例如：

my $array = [    [1,2,3,4],    [2,2,3,4],    [3,2,3,4],    [4,2,3,4],];

就是一个简单的矩阵定义，采用了两层索引结构嵌套的方式，定义了一个二维矩阵。矩阵中特定元素可以是数字，字符串或者其他数据类型，如果是列表或者哈希，可能会改变矩阵的维度。以下是矩阵中元素表达的方法：

$array ->[$i][$j]

也可以直接改变矩阵中的元素的值：

$array ->[$i][$j] = "apple"

如何构建一个简单的数列以及构建数列的结果如下：

my $array = [];for (my $i = 0;$i < 4;$i++){    for(my $j = 0;$i < 4;$i++){        $array -> [$i][$j] = $i * $j;    }}for (my $i = 0;$i < 4;$i++){    for(my $j = 0;$i < 4;$i++){        printf("%3d",$array ->[$i][$j]);    }    print "\n";}

以上就是对一个数列的构建和打印的过程。

高阶矩阵的声明和处理也可以用近似的方法。