RDKit toolkit实战一：调用Python API

RDKit是一款开源化学信息学与机器学习工具包，提供C++和Python的API接口。

RDKit的编译安装及Python（2.7）绑定见博文：Linux（CentOS 7_x64位）系统下安装RDkit

RDKit iPython Notebook参考网站点击打开链接

配置好RDKit和Python2.7的环境，运行参考网站的部分代码的效果如下：

#！Python2.7from rdkit.Chem import AllChem as Chemfrom rdkit.Chem.Draw import IPythonConsolefrom rdkit.Chem import Descriptorsfrom rdkit import DataStructssmi = 'CCCc1nn(C)c2C(=O)NC(=Nc12)c3cc(ccc3OCC)S(=O)(=O)N4CCN(C)CC4' #sildenafilm = Chem.MolFromSmiles(smi)msmi2 = 'CCCc1nc(C)c2C(=O)N=C(Nn12)c3cc(ccc3OCC)S(=O)(=O)N4CCN(CC)CC4' #vardenafilm2 = Chem.MolFromSmiles(smi2)fp2 = Chem.GetMorganFingerprintAsBitVect(m2, 2, nBits=2048)m2

运行效果