GROMACS运行参数整理（二）

Gromacs运行参数中文注释

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9.Temperature couplingtcoupl =  ; 指定耦合方法         no ;不使用 berendsen nose-hoover v-rescalensttcouple =  ; 热耦合频率，默认1，表示与nstlist一致tc_grps =  ; 热耦合组tau_t =  ; 热耦合时间常数， ps, -1, 表示不耦合，个数对应组ref_t =  ; 参考温度---恒温值，个数对应组10.Pressure couplingpcoupl =  ; 指定压力耦合方式         no ; 不耦合，即固定盒子大小         berendsen         Parrinello-Rahman pcoupltype =  ;             isotropic ; 盒子各向同性 semiisotropic ; x/y 方向同性，z方向不同形；一般用于膜模拟 anisotropic ; 各向异性 surface-tension ;xy平面张力耦合nstpcouple =   ; 压力耦合频率，默认-1，表示与nstlist一致，速度积分是设为1tau_p =  ; 压力耦合时间常数compressibility =  ; 水可压缩性，默认1psref_p =  ; 参考压力--恒压值，一般为1 barrefcoord_scaling =  ;                   no ; 坐标限制不被修改，默认值   all   com11.Simulated annealingannealing =  ; 指定每个温度组别的退火算法            no ;不进行模拟退火，仅耦合参考温度值single ; 单序模拟退火，若模拟时间长于升温后的最后时间，则之后是耦合温度periodic ; 从最初的温度开始，到最后温度，在整个模拟时间里反复进行annealing_npoints =  ; 退火参考/控制点数，与温度组别值相等，0表示不使用退火annealing_time =  ; 每个温度组别退火时间，若使用周期性退火，则在最后一个值再开始退火，ps,个数与annealing_npoints的值一致annealing_temp =  ; 退火温度组别，个数与个数与annealing_npoints的值一致12.Velocity generationgen_vel =  ;速度生成          no ; 不生成速度。输入文件没有速度，则为0  yes ; 根据麦克斯韦速度分布函数生成速度，只对md有意义  gen_temp =  ; 体系温度，用于麦克斯韦速度分布gen_seed =  ; 初始速度初试随机数，-1表示为进程的ID数

13.Bondsconstraints =  ; 键约束              none ; 没有约束，除特意指明外  hbonds ; 氢键约束  all-bonds ; 所有键约束  h-angles ; 所有氢键键长和键角约束  all-angles ;所有键长和键角约束constraint-algorithm =  ; 约束算法                       LINCS ; 不能用于角度约束   SHAKE ; 比LINCS慢且不稳定；不能用于能量最小化   continuation =  ;               no ; 初试构象应用约束，并复位，第一次MD   yes ; 初试构象不约束，不复位，用于精确的继续计算或重计算shake_tol =  ; 默认0.0001，SHAKE相对容忍度lincs_order =  ;约束偶合矩阵阶次，用于LINS精度，默认4lincs_iter =  ; 迭代次数，用于LINCS约束精度，默认1lincs_warnangle =  ; 键最大旋转角度，默认为30morse =  ;        no ; 键为谐波势能yes ;键为Morse势能14.Energy group exclusionsenergygrp_excl =  ;排除一对组之间的非键相互作用，在能量计算等方面应用15. COM pullingpull =  ;       no ;    umberlla ;   constraint-al;  16.Free energy calculationsfree_energy =  ;               no ; 仅适用拓扑A  yes ; lambda 插值