GROMACS运行参数整理（一）

Gromacs运行参数中文注释

中文注释仅供参考！！！

1.Preprocessinginclude = ... ; 指定拓扑结构目录define = ...  ; 预处理控制拓扑文件         -DPOSRES ; 位置限制 -DFLEXIBLE ; 柔性水代替刚性水 2.Run controlintegrator =   ; 指定积分算法             md ; 蛙跳牛顿积分算法，用于平衡动力学积分 steep ; 最陡下降法，用于能量最小化 cg ; 共轭梯度法;用于能量最小化（需要双精度，且需先做steep）tinit = ; 模拟开始时刻（仅用于md,sd,bd)dt = ; 积分步长（仅用于md,sd,bd)nsteps = ;积分或能量最小化步数（-1为无穷大）init_step = ; 起始步comm_mode =   ; 质心运动控制            Linear ; 限制质心平移Angular  ; 限制质心平移及绕心运动No ; 无限制nstcomm =   ; 质心移动频率com_grps =   ;组质心设定，默认整个体系

3. Energy minimizationemtol = ; 能量最小化收敛值,用于steepemstep = ; 初始步长，用于steepnstcgsteep = ; 共轭梯度法能量最小化步数4.Output controlnstxout = ; 坐标保存到轨迹文件的频率nstvout = ; 坐速度保存到轨迹文件的频率nstfout = ; 力保存到轨迹文件的频率nstlog = ; log文件更新频率nstcalcenergy = ;能量计算频率               0 ； 从不计算   -1 ； 默认，与nstlist更新频率一致nstenergy = ; 能量保存到轨迹文件的频率，默认100步，必须是nstcalcenergy的倍数nstxtcout = ; 坐标保存到xtc轨迹文件的频率,默认100步xtc_precision = ; xtc文件精度，默认1000xtc_grps = ; 保存到xtc轨迹文件的组，nstxtcout需大于0energygrps = ; 保存能量的组5. Neighbor searchingnstlist = ; 邻近列表更新频率ns_type = ; 邻近列表搜索算法         grid ; 网络搜索 simple ; 简单搜索pbc = ; 周期性边界条件periodic boundary conditions     xyz ; 使用周期性边界条件 no ; 没有使用周期性边界条件 xy ；仅在xy方向使用周期性边界条件periodic_molecules = ;  no ：分子是有限的                        yes :分子是无限的，使用周期性边界条件rlist = ; 短程邻近列表截断rlistlong = ; 长程邻近列表截断，需配合双程截断6.Electrostaticscoulombtype =  ; PME;库伦计算方式rcoulomb =  ; 短程库伦截断7.VdWVdWtype =  ; 范德华力计算方式            Cut-off ;rvdw =  ; 短程范德华力截断DispCorr =  ; 色散校正           no ；不修正   EnerPres ; 使用长程色散校正能量和压力   Ener ；使用长程色散校正能量8.Ewaldfourierspacing =  ; FFT傅里叶变换格点间距，与PME同事使用pme_order =  ; PME插值，默认4表示3次插值

个人网站：点击打开链接