nipype处理核磁数据(二)——FSL、FreeSurfer的安装
来源:互联网 发布:淘宝ppr外丝活接 编辑:程序博客网 时间:2024/05/22 06:21
nipype处理核磁数据(二)——一些插件的安装
1.FSL
第一步:安装
在安装成功NeuroDebiian后,直接在终端输入下列语句,过程中y/n选择均选y。
sudo apt-get install fsl
第二步:配置环境变量
利用终端调出.bashrc文件,在文件末尾添加下列代码并保存
#FSLFSLDIR=/usr/share/fsl. ${FSLDIR}/5.0/etc/fslconf/fsl.shPATH=${FSLDIR}/5.0/bin:${PATH}export FSLDIR PATH
第三步:检测 在终端输入fsl,出现下图就成功了。版本信息可以改变
2.FreeSurfer
第一步:安装包
①.下载地址:http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/Download
②.拷贝安装包(freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v6.0.0.tar.gz)到/usr/local目录并解压
#copy to /usr/localcd /home/username/donwloadssudo cp freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v6.0.0.tar.gz /usr/local #unzip packagecd usr/localsudo tar -zxvf /usr/local/freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v6.0.0.tar.gz
第二步:安装
①.在下载安装包的网页获取许可证: 点击页面中“Follow this link to obtain a license key” 蓝色字体,填好后会收到回信 复制信中如下图黄色部分
在终端打开.license文件,将复制内容粘贴在该文档末尾,保存后关闭。
sudo gedit /usr/local/freesurfer/.license
②.配置环境变量
终端输入语句,在打开的文档末尾添加
sudo gedit /etc/profile
export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer #添加内容
终端输入sudo gedit /etc/bash.bashrc,在文档末尾添加下列语句保存
export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfersource $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh
第三步:测试
在终端输入:
#Test 1freeview -v $SUBJECTS_DIR/bert/mri/brainmask.mgz \ -v $SUBJECTS_DIR/bert/mri/aseg.mgz:colormap=lut:opacity=0.2 \ -f $SUBJECTS_DIR/bert/surf/lh.white:edgecolor=yellow \ -f $SUBJECTS_DIR/bert/surf/rh.white:edgecolor=yellow \ -f $SUBJECTS_DIR/bert/surf/lh.pial:annot=aparc:edgecolor=red \ -f $SUBJECTS_DIR/bert/surf/rh.pial:annot=aparc:edgecolor=red#Test 2tksurfer bert lh pial -curv -annot aparc.a2009s.annot
测试1后会出现:
如果不出现,则在终端运行
cd /usr/lib/x86_64-linux-gnusudo ln -s libjpeg.so.8 libjpeg.so.62sudo ln -s libtiff.so.4 libtiff.so.3
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