FASTX-Toolkit安装在指定目录下

最近安装了一下用于分析fastq文件的软件FATAX-Tookit和大家分享一下安装过程。

首先要安装 libgtexutils

可以在以下网址下载libgtexutils和FASTA-Toolkit：分别为libgtextutils-0.7.tar.gz 和 fastx_toolkit-0.0.14.tar.bz2 文件

http://cancan.cshl.edu/labmembers/gordon/fastx_toolkit/download.html

也可以在命令行里面输入获取软件，下载软件后进行解压，编译，编译的时候加入--prefix=/你/有权限/读写/的路径/，不然的话默认安装在/usr/local/bin/路径下

$ wget https://github.com/agordon/libgtextutils/releases/download/0.7/libgtextutils-0.7.tar.gz

$ tar -zxvf libgtextutils-0.7.tar.gz

$ cd libgtextutils-0.7

$ ./configure --prefix=/DESTINATION/DIRECTORY  

$ make

$ make install

将PKG_CONFIG_PATH加入环境变量，更改一下自己的环境变量文件，一般在～目录下，我的为 .bashrc

$ vi .bashrc

i #进入Insert模式

export “PKG_CONFIG_PATH=/DESTINATION/DIRECTORY/lib:$PKG_CONFIG_PATH”  #刚才--prefix=后面的路径加上/lib

esc #退出编辑模式

:wq #保存修改

$ source .bashrc

下载安装FASTA-Toolkit，--prefix=/你/有权限/读写/的路径/

$ wget https://github.com/agordon/fastx_toolkit/releases/download/0.0.14/fastx_toolkit-0.0.14.tar.bz2

$ tar -xjvf fastx_toolkit-0.0.14.tar.bz2
$ cd fastx_toolkit-0.0.14
$ ./configure --prefix=/DESTINATION/DIRECTORY 
$ make

如果想在任何地方都可以运用的话把/DESTINATION/DIRECTORY 加入到你的环境变量下，具体：

$ vi .bashrc

i #进入Insert模式

export “PATH=/DESTINATION/DIRECTORY:PATH”  #刚才--prefix=后面的路径

esc #退出编辑模式

:wq #保存修改

$ source .bashrc

$ fastq-to-fasta -h  #检查一下是不是安装成功了