FASTX-Toolkit 剪切adapter

常见错误：
1:在安装该软件时候遇到，尤其时运行;make命令时候报错：“fgets called with bigger size than length of destination buffer”，请安装比较新版本，就解决了该问题。其它的基本上就按照网站上的说明一步一步做就可以了。（我用的是Ubuntu）
2:如果在运行fastx_quality_stats 过程中出现“fastx_quality_stats: Invalid quality score value (char '#' ord 35 quality value -29) on line 4”，请在参数中加入“-Q 33”,例如：fastx_quality_stats -i fastq_file -Q 33 -o fq_stat

fastxtoolkit是直接用命令行控制的，仅需要将目标文件放入目录下，然后输入：                                                              

fastx_clipper -v -i test.fastq -a CCTTAA -o test_rmadapter.fastq

本人的adapter用的是Illumina的，所以根据当时使用的酶查找Illumina手册，其中Illumina常见adapter如下：

DpnII gene expression oligonucleotide sequences
Gex Adapter 1
5' P-GATCGTCGGACTGTAGAACTCTGAAC
5’ ACAGGTTCAGAGTTCTACAGTCCGAC
Gex Adapter 2
5' CAAGCAGAAGACGGCATACGANN
5' P-TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
Gex PCR Primer 1
5' CAAGCAGAAGACGGCATACGA
Gex PCR Primer 2
5' AATGATACGGCGACCACCGACAGGTTCAGAGTTCTACAGTCCGA
Gex Sequencing Primer
5' CGACAGGTTCAGAGTTCTACAGTCCGACGATC
NlaIII gene expression oligonucleotide sequences
Gex Adapter 1
5' P-TCGGACTGTAGAACTCTGAAC
5' ACAGGTTCAGAGTTCTACAGTCCGACATG
Gex Adapter 2
5' CAAGCAGAAGACGGCATACGANN
5' P-TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
Gex PCR Primer 1
5' CAAGCAGAAGACGGCATACGA
Gex PCR Primer 2
5' AATGATACGGCGACCACCGACAGGTTCAGAGTTCTACAGTCCGA
Gex Sequencing Primer
5' CCGACAGGTTCAGAGTTCTACAGTCCGACATG

另外，双端用的是PE Adapters1
5' P-GATCGGAAGAGCGGTTCAGCAGGAATGCCGAG
5' ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT
PE PCR Primer 1.01
5' AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT
PE PCR Primer 2.01
5' CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATCGGTCTCGGCATTCCTGCTGAACCGCTCTTCCGATCT
PE Read 1 Sequencing Primer
5' ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT
PE Read 2 Sequencing Primer
5' CGGTCTCGGCATTCCTGCTGAACCGCTCTTCCGATCT