记PAM250矩阵的自乘
来源:互联网 发布:js中split函数 编辑:程序博客网 时间:2024/05/29 18:55
A和B都是最原始的自身序列,因此都是1。
起初的样子应该是这样的。
当选择压力来的时候,A以0.9的突变率变成自己,以0.1的情况变成B;B则以0.8的突变率变成自己,以0.2的情况变成A;
突变后的结果应该是这样的。
进化结果是A变成了0.9+0.2=1.1,B则变成了0.8+0.1=0.9。
当第二次选择压力来的时候,情况会变成怎样?
下面是各个位点的突变分解,不要忘了:只要是A,就要承受0.9的自变和0.1的异变,只要是B,就要承受0.8的自变和0.2的异变。
那么第二次的选择压力结果会是下图所示:
那么A组的变异结果就是下面的加和:
A=(0.9×0.9)+(0.1×0.2)=0.83
B=(0.9×0.1)+(0.1×0.8)=0.17
B组的变异结果就是下面的加和:
A=(0.2×0.9)+(0.2×0.8)=0.34
B=(0.2×0.1)+(0.8×0.8)=0.66
第二次选择压力下的变异结果就应该是这样的:
进化结果是A变成了0.83+0.34=1.17,B则变成了0.66+0.17=0.83。
我们看一下两次压力下的变异情况:
我们看一下矩阵自乘的结果做比较:
这个结果说明可以用矩阵的自乘正好对于第二次选择压力下的突变。
PAM1自身相乘250次,表明现存所有蛋白质序列是经历了250次的选择压力后而呈现的概率最适宜对现有的蛋白质比对做区分,Dayhoff并不以进化的初期的蛋白质群作为衡量的标准,也不让矩阵自乘至无穷,而是选择了她假定的一个过程,PAM1自身相乘了250次这个过程表明了地球现有物种基因的任何一个氨基酸都有突变成另一个氨基酸的可能性,但大小各不相同。
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