多重序列比对查看

来源：互联网发布：软件服务质量保证措施编辑：程序博客网时间：2024/05/17 21:44

### plotNuc.pl --- #! /usr/bin/perl -w## File: plotNuc.pl# Time-stamp: <2010-11-22 10:16:45># $Id: $## Copyright (C) 2010 by tmjdone## Author: tmjdone## Description:# use strict;use Data::Dumper;use Getopt::Long;use Pod::Usage;use Bio::SeqIO;###################################################################### OPTIONS####################################################################GetOptions( "help|h!" => /my $help, "version|v!" => /my $version ) or pod2usage( verbose => 0, exitstatus => 1 );if ($help) { pod2usage( verbose => 1, exitstatus => 0 ); }if ($version) { print $version; exit 0; }################################################################### MAIN#################################################################my ($dir,$ext)=@ARGV;my @files=glob("$dir/*.$ext");my $canvas_height="200";my $canvas_width="600";open(F,'>',"$dir.html") or die("$!: $dir.html/n");print F '<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd"><html lang="en-US" xml:lang="en-US" xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml"><head><title>',$dir,'</title><mce:script type="text/javascript"></mce:script></head><body>';print F '<table border="1" id="table">';my $count=0;foreach my $file(sort @files) { print F "<tr>/n"; print F "<td>/n"; print F '<canvas id="',$count,'" width="',$canvas_width,'" height="',$canvas_height,'"></canvas>',"/n"; print F "</td>/n"; print F "</tr>/n"; $count++;}print F '</table><mce:script type="text/javascript"></mce:script>';close(F);################################################################### SUBS#################################################################__END__##################################################################### Now Docs...###################################################################=head1 NAME plotNuc.pl - DESCRIBE ME=head1 SYNOPSIS plotNuc.pl [-h] [-v]=head1 OPTIONS=over 1=item B<-h|--help> Print help message and exit successfully.=item B<-v|--version> Print version information and exit successfully.=back=cut

使用说明：

plotNuc.pl dir ext

dir 包含多重序列比对文件的文件夹

ext 多重序列比对文件后缀

生成dir.html