BoWTie（1）

Input：参考基因组和read数据。

Output：比对的结果。

---

基本思想：1.建立索引。(基于BWT)

               2.匹配。（精确匹配和非精确匹配）。

---

BWT的一些属性：BWT转换。

acaacg$为原始串。将串旋转得到7个新的字符串。再将其按照字典顺序排序，保存最后一列。其实如果只看每一行$符号的前边，这其实本质上是一个后缀数组。

性质1：利用最后一列可以还原出整个数组。（基本过程就是，排序-〉组一起-〉再排序）

性质2：最后一列中与第一列中同种字符在该字符中的相对位置顺序不变。（用在LF mapping）

性质3：最后一列中大量相同的字符聚在一起,可以使用一定的压缩技术压缩。（bowtie中没用）