最大的区别在于：ibatas的sql语句需要自己手动写，而hibernate能够在程序运行时自动生成。但是不要就这样以为hibernate比ibatas方便，其实二者熟悉之后的效率差不多。而hibernate还能够自动建表等等，这样的好处就在于你带着这个程序，无论到什么机器上，你都不需要数据库，应为它能自动为你完成，而ibatas就必须要有相应的数据库表才能进行移植。Hibernate的特点：Hibernate功能强大，数据库无关性好，O/R（对象/关系）映射能力强，如果你对Hibernate相当精通，而且对Hibernate进行了适当的封装，那么你的项目整个持久层代码会相当简单，需要写的代码很少，开发速度很快，非常爽。Hibernate对数据库结构提供了较为完整的封装，Hibernate的O/R Mapping实现了POJO（实体类） 和数据库表之间的映射，以及SQL 的自动生成和执行。程序员往往只需定义好了POJO 到数据库表的映射关系，即可通过Hibernate 提供的方法完成持久层操作。程序员甚至不需要对SQL 的熟练掌握， Hibernate/OJB 会根据制定的存储逻辑，自动生成对应的SQL 并调用JDBC 接口加以执行。Hibernate的缺点就是学习门槛不低，要精通门槛更高，而且怎么设计O/R映射，在性能和对象模型之间如何权衡取得平衡，以及怎样用好Hibernate方面需要你的经验和能力都很强才行，但是Hibernate现在已经是主流O/R Mapping框架，从文档的丰富性，产品的完善性，版本的开发速度都要强于iBATIS。iBATIS的特点：iBATIS入门简单，即学即用，提供了数据库查询的自动对象绑定功能，而且延续了很好的SQL使用经验，对于没有那么高的对象模型要求的项目来说，相当完美。iBATIS的缺点就是框架还是比较简陋，功能尚有缺失，虽然简化了数据绑定代码，但是整个底层数据库查询实际还是要自己写的，工作量也比较大，而且不太容易适应快速数据库修改。当系统属于二次开发,无法对数据库结构做到控制和修改,那iBATIS的灵活性将比Hibernate更适合。系统数据处理量巨大，性能要求极为苛刻，这往往意味着我们必须通过经过高度优化的SQL语句（或存储过程）才能达到系统性能设计指标。在这种情况下iBATIS会有更好的可控性和表现。现在就市场来说，hibernate的需求要大于ibatas的需求，而hibernate对个人能力的要求更高，即使公司使用ibatas，你在hibernate的基础上也能快速掌握。ibatis和hibernate都是数据持久化的框架。对数据库操作不是太繁复的时候采用ibatis不错。它和Hibernate区别就在于自己要写完整sql语句。事实上，Hibernate因为其自动化大型应用中方便，所以其远比Ibatis流行 另外补充一下：iBATIS更名为MyBatis 并迁移到Google Code 所以以后就不要再说ibatis了，建议你学hibernate，功能强大的才是王道，不要学些雕虫小计
在二者之间如果选择学习的话我建议hibernate，上面的理由我想已经足够清楚了。
