在Debian 6下安装R和Bioconductor

一、简介

R（http://www.r-project.org/）：用于统计计算的编程语言。

Bioconductor（http://www.bioconductor.org/）：基于R的用于基因组数据分析的程序包。

两者均为开源软件。

二、R的安装

系统选择Debian 6，由于系统自带的R版本为2.11.x版，因此决定直接从R站点安装2.15.3版。

用root账号登录，从 http://cran.r-project.org/mirrors.html 选择一个镜像站点，

将 deb http://<favorite-cran-mirror>/bin/linux/debiansqueeze-cran/ 加到 /etc/apt/sources.list （<favorite-cran-mirror>用上述镜像站点替换）

依次执行：

#  apt-get update

#  apt-get install r-base r-base-dev

即可安装完成。

# R                                                          # 启动R控制台

> install.packages('包名') ;                 # 安装其它程序包

> installed.packages();                       # 查看已安装程序包详情

> pkgs <- rownames(installed.packages());

> pkgs;                                                   # 仅查看已安装程序包名

用非root账号登录

执行：

$ R

即可启动R控制台，或者

$ R -g Tk &

即可启动基于Tk的图形用户界面。

三、Bioconductor的安装和更新

还是回到用root账号登录系统，启动R

# R

在R控制台，执行：

> source("http://bioconductor.org/biocLite.R");

> biocLite();

> ?biocLite;                                          # 显示biocLite帮助

有关2.11版Bioconductor的包可在 http://www.bioconductor.org/packages/2.11/BiocViews.html#___Software 找到。

下次重新启动R时

> library(BiocInstaller);                      # 装载BiocInstaller包，这也是装载R其它程序包的命令

> biocLite("包名");                              # 或者

> biocLite(c("包名1", "包名2", ...));   # 安装多个Bioconductor程序包

需更新已安装Bioconductor时，执行

> source("http://bioconductor.org/biocLite.R");

> biocLite();

四、R程序包资源

http://cran.r-project.org

http://www.bioconductor.org

http://r-forge.r-project.org/