在debian中安装Emacs和R/Bioconductor

新发布的Debian 7.1 桌面系统外观很不错，系统管理也方便，基本符合办公需求了。为在R中能使用更大的内存和进行更好的64位运算，当然也为了更稳定的运行系统，新购了一个1T硬盘跑Debian，Win7系统保留在原硬盘上备不时之需。由于Debian软件源中提供的R和Emacs版本都比较老，所以想使用新版还得自己想办法安装。

1 Emacs 24.3 安装和配置

1.1 编译安装Emacs

这个比较麻烦一些，需要自己编译。

• 下载Emacs源代码： http://ftp.gnu.org/gnu/emacs
• 解压缩后在源代码目录下执行 ./configure，一般都缺少一些必需组件，用新立得软件包管理器安装：
  • gtk++：可选 libgtk-3-dev
  • libxpm-dev
  • libtiff：可选 libtiff5-dev
  • libpng
  • Emacs编译依赖的其他包
• 多次执行 ./configure，按照提示补充安装依赖包直到没有错误提示
• 执行： make
• make结束后在终端输入 src/emacs -Q，如果emacs能够运行就算make成功了
• 执行： sudo make install，把emacs安装到系统，重启后在“活动”-“应用程序“-”编程“组程序中应该可以看到Emacs的启动图标，把它拖到收藏夹方便使用。

1.2 更新Org-mode

• 在Emacs中执行 M-x package-install，输入需要安装的软件包名称 org，等待下载完毕
• 在 ~/.emacs.d/elpa 目录下找到 org 程序文件夹如：org-20130624，文件夹重命名为 org
• 删除 /usr/local/share/emacs/24.3/lisp/org 文件夹
• 把 ~/.emacs.d/elpa/org 移到 /usr/local/share/emacs/24.3/lisp/org 即可

1.3 迁移Windows下的Emacs设置

我在Win7系统下的所有Emacs附加组件全部放在 ~/.emacs.d 下，所以直接把该文件夹下的全部内容搬过来即可。即使在Linux下，.emacs.d 文件夹下的 init.el 配置文件仍然有效，根本不用修改。运行R所需的ESS也在该文件夹下，不需要重新安装即可直接使用。最好在Linux用户主目录下做一个到 ~/.emacs.d目录链接，这样Win7和Linux可以共享使用一套配置。

2 安装 R 3.0.1

• 按照 CRAN 的说明，在新立得软件包管理器中添加软件源：

  deb http://cran.rstudio.com/bin/linux/debian wheezy-cran3/

• 刷新后即可看到 R 3.0.1 的相关软件包，安装即可。一定要安装 r-base-dev 这个包，否则无法正常编译和安装其他 R 软件包。

3 安装 Bioconductor 软件

• 在终端运行： sudo R
  • 如果不安装到系统，直接运行 R 即可
• 获取 bioclite 函数

  source("http://bioconductor.org/biocLite.R")

• 更新安装程序（有些不解为什么从 Bionconductor 获得的程序还不是最新的）

  biocLite("BiocUpgrade")

• 接下来就可以像在Windows系统中一样安装 bioconductor 的软件包了。但是Linux安装软件包是需要编译的，如果编译不成功，在新立得软件包管理器中补充安装缺少的开发软件包。比如很多软件包都需要的 rJava 包，它的成功安装就需要先安装合适的 JRE 和 JDK。
  

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Author: ZGUANG@LZU

Created: 2013-06-30 日 12:09

Emacs 24.3.1 (Org mode 8.0.3)

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