BioPerl:批量下载序列
来源:互联网 发布:虚拟主机怎么解析域名 编辑:程序博客网 时间:2024/05/21 08:37
#! /usr/bin/perl
if(open(SeqID,"E:/perltest/sequenceID.txt")){
print "It's OK."
}
else{
print "Can't open SeqID!";
exit 1;
}
#创建一个文件句柄,参数1为文件句柄名,参数2为文件地址
$SeqInfo="SequenceExactInfo";
$format="fasta";
use Bio::SeqIO;
$out=Bio::SeqIO->new(-file=>">$SeqInfo",-format=>$format);
#创建一个存储输出数据的文件
use Bio::DB::GenBank;
$gb=Bio::DB::GenBank->new();
while(chomp ($OneOfID=<SeqID>)){
#使用钻石操作符获取文件的每行信息
$seq=$gb->get_Seq_by_acc($OneOfID);
#利用文件句柄从GenBank上获得每个ID对应的序列
$out->write_seq($seq);
#将序列写入文件
}
close(SeqID);
#关闭最开始的文件句柄
if(open(SeqID,"E:/perltest/sequenceID.txt")){
print "It's OK."
}
else{
print "Can't open SeqID!";
exit 1;
}
#创建一个文件句柄,参数1为文件句柄名,参数2为文件地址
$SeqInfo="SequenceExactInfo";
$format="fasta";
use Bio::SeqIO;
$out=Bio::SeqIO->new(-file=>">$SeqInfo",-format=>$format);
#创建一个存储输出数据的文件
use Bio::DB::GenBank;
$gb=Bio::DB::GenBank->new();
while(chomp ($OneOfID=<SeqID>)){
#使用钻石操作符获取文件的每行信息
$seq=$gb->get_Seq_by_acc($OneOfID);
#利用文件句柄从GenBank上获得每个ID对应的序列
$out->write_seq($seq);
#将序列写入文件
}
close(SeqID);
#关闭最开始的文件句柄
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