DNA序列找GC-Ratio最高子序列
来源:互联网 发布:淘宝在哪里看几心 编辑:程序博客网 时间:2024/04/29 18:44
一个DNA序列由A/C/G/T四个字母的排列组合组成。G和C的比例(定义为GC-Ratio)是序列中G和C两个字母的总的出现次数除以总的字母数目(也就是序列长度)。在基因工程中,这个比例非常重要。因为高的GC-Ratio可能是基因的起始点。
给定一个很长的DNA序列,以及要求的最小子序列长度,研究人员经常会需要在其中找出GC-Ratio最高的子序列。
知识点: 字符串
题目来源: 内部整理
练习阶段: 初级
运行时间限制: 10Sec
内存限制: 128MByte
输入:
输入一个string型基因序列,和int型子串的长度
输出:
找出GC比例最高的字串
样例输入:
AACTGTGCACGACCTGA
5
样例输出:
GCACG
给定一个很长的DNA序列,以及要求的最小子序列长度,研究人员经常会需要在其中找出GC-Ratio最高的子序列。
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练习阶段: 初级
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内存限制: 128MByte
输入:
输入一个string型基因序列,和int型子串的长度
输出:
找出GC比例最高的字串
样例输入:
AACTGTGCACGACCTGA
5
样例输出:
GCACG
#include <stdio.h>#include <stdlib.h>#include <string.h>char *getSubString(char *str,int n){ char *result=(char*)malloc(sizeof(char)*(n+1)); char *p=str; int i,j,len,cnt,maxCnt; char tempChar; len=strlen(str); if(len<n) return NULL; else { maxCnt=0; for(i=0;i<len-n-1;i++) { cnt=0; for(j=0;j<n;j++) { tempChar=*(str+i+j); if(tempChar=='C'||tempChar=='G') cnt++; } if(cnt>maxCnt) { p=str+i; maxCnt=cnt; if(maxCnt==n) break; } } if(maxCnt==0) return NULL; else { strncpy(result,p,n); return result; } }}int main(){ char str[2048]; int n; scanf("%s",str); scanf("%d",&n); printf("%s\n",getSubString(str,n)); return 0;}
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