gridengine qsub常用方法

=== 1. 提交任务：`qsub` ===

 * 提交job的最简单命令是：

{{{

  qsub scriptname

}}}

  `scriptname` 是要执行的任务文件名称，一般是一个bash脚本文件。

  在以上最简单命令的缺省情况下，GridEngine会

   - 在你的 home directory 开始执行job，并以此为基准计算相对路径

   - 将 `stout` 写到名为 `scriptfile.ojobID` 的文件，将 `stderr` 写到 `scriptfile.ejobid`（`scriptfile`是脚本名称，`jobID`是job number。因此如果job number是12345，脚本是“test”，则输出文件为 `test.o12345` and `test.e12345`）

  * 指定工作路径为当前目录

{{{

  qsub -cwd scriptname

}}}

  * 指定 `stdout` 和 `stderr` 的输出文件

{{{

  qsub -o outputfile -e errorfile scriptname

}}}

  以上会把`stdout` 和 `stderr`写到当前目录下的`outputfile` 和 `errorfile`文件。

  * 让一个job等待另一组job执行完毕之后再开始执行

{{{

  qsub -hold_jid 45,46,47,48 scriptname

}}}

   以上命令保证 `scriptname` 会等待 45-48 号job结束之后再开始执行。

  * 指定job的优先级

{{{

  qsub -p 100 scriptname

}}}

  以上命令指定了scriptname的优先级属性为100，优先级较高的job会抢占那些已经提交的优先级较低的job的资源，即让优先级较低的job暂停，直接使用计算资源，job完成后再恢复原来优先级较低的job，使其继续运行。

=== 2. 检查job状态：`qstat` ===

 * 检查提交job的状态，可以采用`stat` 命令，主要job的状态包括

  || 状态 || 含义 ||

  || r || 正在执行 ||

  || s || 被暂时挂起，往往是由于优先级更高的job抢占了资源 ||

  || qw || 正在等待，一旦有计算资源会马上执行 ||

  || hqw || 该job依赖于其它正在执行的job，待前面的job执行完毕后再开始执行 ||

  || Eqw || job的提交产生错误，例如输出目录不存在 ||

  * 检查某个用户的job

{{{

qstat -u userid

}}}

`qstat -u '*'` 检查所有用户的job

  * 检查job的状态 

{{{

qstat -f

}}}

  * 仅仅检查正在执行的job

{{{

qstat -s r

}}}

  * 仅仅检查被挂起的job

{{{

qstat -s p

}}}

  * 检查一个特定job的资源使用和退出情况

{{{

qstat -j jobid

}}}

=== 3. 检查安装了GridEngine的各个机器的状态 ===

{{{

qhost

}}}