Amber14在Centos6.6下的安装

Amber14的安装和Amber12相比多了几个依赖库，而且根据以前实验室经验的intel官网下载地址也更换了，以前的intel编译器可以免费使用1年，我没有找到那个版本的，所以就是下载了试用一个月版的，反正可以把Amber解码编译好了就行。

1. 安装intel编译器

intel编译器下载

https://software.intel.com/en-us/intel-parallel-studio-xe

进入官网注册账号，激活账户，选择composer版本的就可以了，邮箱里会受到一封给了下载地址的邮件，然后再下载下来，有三点多个G大小，下载要点时间

安装完成之后，在主文件夹下终端输入gedit .bashrc

添加如下：

source opt/intel/composer_xe_2015.0.090/bin/compliervars.sh intel64

保存。然后source .bashrc。终端中输入which icc和which ifort，输出的路径正确算是安装成功。

2 、装Amber的依赖库

sudo yum install gcc gcc-gfortran gcc-c++ flex tcsh zlib-devel bzip2-devel libXt-devel libXext-devel libXdmcp-devel python-devel tkinter numpy scipy python-matplotlib openmpi openmpi-devel perl perl-ExtUtils-MakeMaker patch bison 

3.解压ambertools14和amber14：

cd /home/myname
tar xvfj AmberTools14.tar.bz2 # (Note: extracts in an # “amber14” directory)
tar xvfj Amber14.tar.bz2 # (only if you have licensed Amber 14!)

 

4. 设置环境变量：

export AMBERHOME=/home/myname/amber14
source /home/myname/amber14/amber.sh

保存。source .bashrc

5. 安装串行版amber14：

./configure intel

make install

make test

 

6. 因为我是用GPU跑分子动力学，所以就不安装并行版的amber，有需要的可以看官网的mannual，安装包里打开doc文件夹也能找到