Haploview做单倍型分析
来源:互联网 发布:淘宝手机神仙道辅助 编辑:程序博客网 时间:2024/06/06 11:39
自个数据用Haploview做单倍型分析
转载他人的 http://www.dxy.cn/bbs/topic/16025305
Haploview http://www.broadinstitute.org/haploview/haploview-downloads
第1步,制备基因型的文档,我用的是EXCEL,如图,从左至右依次为:pedigree/sample name,individual ID,Father's ID,Mother's ID,sex(M=1,F=2),Affection status (0=UNKNOWN, 1=UNAFFECTED,2=AFFECTED). 然后是每个SNP的基因型....
第2步:由于软件无法识别ATCG,需要将其转化一下,一般为:A=1,C=2,G=3,T=4.I=1,D=2,分别为insertion and deletion.
直接CTRL+H就行了.无基因型的以(0 0)表示,注意,两数字中间有一个空格. (4.2以上的版本可以识别ATCG滴,不需要分成2列吗)
直接CTRL+H就行了.无基因型的以(0 0)表示,注意,两数字中间有一个空格. (4.2以上的版本可以识别ATCG滴,不需要分成2列吗)
第3步,制备样品LOCUS的位置文档.也就是以第一个SNP为1,第2个SNP与第1个相差N个bp,N=两个SNP的position之差.制备成如下的表格.(postion可以用BLAST得到其物理地址)此图A列为SNP_ID,B列为相对位置. (注意:只有2列,一个为SNP,一个为locus)
然后将制备好的表格另存为.txt.注意:两文档必须是一一对应的,也就是SNP的数目要一致.然后分别上传.第一个文档至DATA FILE..
完成,你不光会得到图,还会得到其它信息. 你也可以根据一些设置调整图的算法或色彩.
以下是一些步骤图片:
第一步示意图 (不要表头的)
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