MITK简介及安装

MITK简介

MITK (Medical Imaging Interaction Toolkit)是一个开源软件平台，可用来做交互式的医学图像处理软件。该软件结合了ITK（nsight Toolkit）和VTK(Visualization Toolkit)的特性。ITK提供了强大的图像处理（分割、配准等）功能，而VTK主要实现对数据的可视化。VTK虽然提供可视化，但是对用户交互的支持比较弱，因此MITK在ITK和VTK的基础上开发了更多用户交互的特性。

MITK的主要特性有：

• 对数据的多视图同步显示。例如我们要显示一个图像的三个二维视图（横切面、冠状面和矢状面）以及三维视图，假如数据中包含一个表面模型，该表面将在各个视图中都需要显示，当用户移动了该表面的位置，那么在所有的视图中都要更新。如果用VTK来实现，则需要对每个视图分别调整该表面模型的位置、方向和颜色等。在MITK中，这些可以自动完成。
• 基于状态机的用户交互概念。可以对复杂的交互机制结构化处理。
• 对用户交互的撤销/重做。
• 将应用程序中所有数据组织成一个层次数据仓库。这种分层次结构可以方便地表达数据的罗辑关系，例如心室是心脏的一部分。
• 为方便程序模块之间的通信和控制渲染，使用了"键/值"列表来描述数据项的任意属性。
• 载入和保存层次数据仓库，并可包含数据项的所有属性。

MITK的安装

MTIK的官网（http://mitk.org/wiki/MITK）上提供了一些关于如何编译和建立基于MITK的项目的教程，但是不是很详细。结合笔者的亲身实践，这里再归纳一下我的操作步骤。

1，配置信息：

      Win7 64 bit

      VS 2013

      QT版本5.5.1

      Cmake版本3.3.2

      (注: 目前VS2015是visual studio 的最新版，但是QT还不支持VS2015， 所以用VS2013是最合适的)

2，安装Cmake。直接到官网 （https://cmake.org/）下载最新版本安装即可。

3，安装QT。 到官网（http://www.qt.io/download-open-source/#section-2）下载  Qt 5.5.1 for Windows 64-bit (VS 2013, 823 MB) 并安装。我的安装路径是D:\Qt5.5.1_64。

4，用git下载最新MITK代码git clone http://git.mitk.org/MITK.git。下载后在电脑上的路径为： D:\IVTK\MITK。

5，打开Cmake，源码文件夹设为 D:/IVTK/MITK，编译文件夹设为 D:/IVTK/MITKbuild。点击Configure，选择编译器为VS2013 Win 64, 待Configure完成后，Cmake可能会报错QT没有找到，这时需要手动设置QT路径，将Qt5_DIR设置为QT的安装路径，我的是 D:/Qt5.5.1_64/5.5/msvc2013_64/lib/cmake/Qt5。配置的条目都可以保持为默认，有个CMAKE_INSALL_PREFIX，指的是MITK成功后的安装路径，我设置的是D:/IVTK/MITK-superbuild。 勾选MITK_BUILD_ALL_PLUGINS可以编译所有MITK自带插件，但比较耗时。再次Configure直到没有红色的条目出现，点击Generate，生产项目文件。

6， 用VS2013打开位于D:/IVTK/MITKbuild下的MITK-superbuild.sln解决方案，进行编译。这个过程比较久，可能持续一个多小时以上。MITK需要使用ITK、VTK、DCMTK等开源包，因为MITK使用了超级编译，这些包在编译过程中自动下载，因此编译时间也受下载速度影响。

     编译结束后查看一下警告和错误，因为MITK项目中设置了“把警告视为错误”，如果有一些警告也需要当心。例如我遇到一个“warningC4819: 该文件包含不能在当前代码页(936)中表示的字符。请将该文件保存为 Unicode 格式以防止”。解决方法很简单，将与该警告相关的.cpp文件用写字板打开，重新保存为Unicode格式再次编译即可。

     再看一下错误，错误可能会在install项目中出现，“ CppCommon.targets(132,5): error MSB3073: if %errorlevel% neq 0 goto:VCEnd  ...... (此处省去若干字)..... MSB3073: :VCEnd 已退出，代码为 1"。这个错误不必担心，其实MITK已经成功编译通过了，只是在最后将编译好的.exe和.dll文件复制到CMAKE_INSALL_PREFIX文件夹下出现了问题，我们可以忽略这个错误直接手动复制相关的文件即可。

第一个基于MITK的程序

1， 创建新项目。

基于MITK创建自己的项目，可有两种方法，一是使用插件生成器（MITK Plugin Generator），这是一个命令行工具用于生成用户定制的MITK项目。这个插件生成器在编译好MITK之后就有了。第二种方法是使用MITK项目模板作为例子项目，下载地址为 git clone https://github.com/MITK/MITK-ProjectTemplate。参考教程 http://mitk.org/wiki/Developer_Tutorial_(Microsoft_Windows)#The_MITK_Project_Template。

使用插件生成器创建新项目的方法为： 命令行切换到MitkPluginGenerator.exe所在的目录，我的是D:\IVTK\mitkbuild\MITK-build\bin\Debug。运行如下命令创建新的MITK项目，名称为”MyProject“。

./MitkPluginGenerator -plugin-symbolic-name org.mycompany.myplugin -view-name "My View" -project-name "MyProject" -project-app-name "MyApp" -o E:\Documents\Projects\MITK_learn

其中的-o参数是生成的项目的位置。

2， 新的项目可以通过Cmake进行配置，当编译这个项目的时候，将会自动下载所需要的依赖包，包括MITK自身。由于我们已经有了MITK，用Cmake配置项目文件的时候，勾选高级选项，找到EXTERNAL_MITK_DIR（或者MITK_DIR）将其设为MITK项目所在的位置，例如D:/IVTK/MITKbuild/MITK-build，这样就不会在编译过程中再次下载MITK了。

3， 在VS2013中打开MyProject-superbuild.sln，编译。这个过程很快，几十秒钟就好了。

4，接下来就可以运行生成的.exe文件了。如果提示缺少一些.dll，则根据提示将相应的.dll所在的文件夹添加到环境变量path中。

       D:\Qt5.5.1_64\5.5\msvc2013_64\bin;

       D:\IVTK\mitkbuild\MITK-build\bin\Debug;

       D:\IVTK\mitkbuild\ep\src\CTK-build\CTK-build\bin\Debug;

       D:\IVTK\MITK-superbuild\bin

       再次运行，就可以打开应用程序界面了，载入一幅图像，可以看到效果如下：

5， 如果不想生成像上面这样的MITK项目，而只是使想用MITK的一些功能显示或处理图像，例如想编译Examples/QtAppExample文件夹下step1.cpp这个文件中的例子。只需要配置一下CMakeList.txt文件，然后用cmake生成项目即可。

CMakeList.txt的内容如下：

cmake_minimum_required(VERSION 3.2 FATAL_ERROR)project(QtAppExample)find_package(MITK REQUIRED)# Check that MITK has been build with Qt supportif(NOT MITK_USE_QT)  message(SEND_ERROR "MITK needs to be built with MITK_USE_QT set to ON")endif()# Create the executable - it needs the MitkQtWidgetsExt modulemitk_create_executable(${PROJECT_NAME} DEPENDS MitkQtWidgets)

同时注意该目录下应该有个files.cmake文件，其中包含了要生成的项目所应包含的源代码文件，内容如下：

# List all source filesset(CPP_FILES Step1.cpp)

用cmake进行configure之前，在高级选项中将MITK_DIR设置为MITK所在的位置。

这样，就可以编译基于MITK的项目了。

”