Ubuntu 15.04 + CUDA7.5 + Caffe 配置笔记

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Ubuntu 15.04 + CUDA7.5 + Caffe 配置笔记

一、Ubuntu 安装

    安装Ubuntu 15.04x64 + Win7x64 双系统，让二者在启动引导上相互隔离， 删除Ubuntu时不至Win7躺枪，就必须讲究安装方法。

    最easy的就是使用EasyBCD安装。这可以将Ubuntu的启动引导（Grub2）安装在其自己的boot分区，而Win7的启动引导则安装在C盘或其保留分区，相互隔离，不存在用Ubuntu引导Win7启动的问题，重装和卸载互不影响。这个策略非常干净。

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    那么，问题来了，如果你主板比较新，使用的是 "UFEI启动 + GPT磁盘" 这个组合，那么使用EasyBCD就有问题，如下所述.

    

     问题始于，万恶的windows推出一个称之为UFEI的东东，美其名曰：大一统安全启动引导接口！！此接口位于主板和系统之间，用于启动时进行软硬件对接，即在主板上加载系统内核，以及向系统内核注册硬件。电脑一启动，操作系统必须向主板出示一个安全密钥，主板才会加载这个系统，可用于杜绝boot病毒，从Win8开始这个标准开始执行。。。 然就坑了Ubuntu等一大批Linux系统，因为这些系统必须向MS购买密钥。。。但是！！为了防止被诉垄断，微软要求所有主板厂商必须在提供UFEI的同时，以这样或那样的方式提供传统的BISO启动。。。微软关上了一扇门，上帝打开了一扇窗 .，美帝的反垄断大法果然强。。。
    因此，新型的主板上一般都能找到禁止UFEI，以及打开BIOS的办法，各家主板不一样。

    启动方式： UFEI  or  Legacy BIOS
    不用UFEI的原因是，EasyBCD 2.3 目前还无法在ufei中注入Ubuntu的grub2启动，所以在UFEI引导下安装的Win7,当安装完EasyBCD后，软件会提示：注意到你正在使用ufei，EasyBCD的许多特性都无法使用！而屏蔽ufei，在BIOS下重装win7之后，EasyBCD一切正常。这样后面安装ubuntu时，EasyBCD才能在其boot分区上注入grub2启动引导程序。  

....不用UFEI的另一个好处时，不会在Win7的保留分区内额外生成一个ufei文件夹，从而可以用DsikGenius为win7的这个保留分区分配盘符使其可见，激活win7就十分Easy了....

....若非要用ufei就要用其他方式解决双系统隔离的问题，但百度之后发现都比较繁琐 。

关掉UFEI的办法看主板什么类型，我的华硕Z170-AR/-P，进入高级设置，启动页面，打开CMOS选项设定为仅Legacy，打开安全选项设定操作系统为others。

....重启，插启动U盘，启动选项里面彻底不见了UFEI字样，，说明UFEI被成功屏蔽！！

....装完Win7之后，用DiskGnius查看隐藏分区，其中无ufei文件夹，只有boot文件夹，OK！    

    分区表类型：  GPT or  MBR
....GPT可以管理大于1.8T以上的磁盘，MBR不行，所以单盘超限的另寻解决办法。

用Win7光盘在裸机上装完系统之后，启动方式+分区表 被默认处理为 UFEI+GPT 这样的组合。可以用Diskgnis查看Win7隐藏分区，隐藏分区中有个ufei文件夹，然后点各个磁盘查看信息，分区表类型都为GPT，这说明是UFEI+GPT的组合。

....进入按上步用BIOS安装的Win7之后，打开DiskGnius可转换各GPT盘为MBR盘。但注意：不能直接转换系统所在的C盘，因为会导致系统引导丢失，还有可能整坏硬盘。解决办法是“腾笼换鸟”，在另一个已经转换为MBR的空闲盘上用硬盘安装的方式先安装一个Win7上去，然后重启进入这个新系统；再用DISK转换原来的系统C盘为MBR，再用硬盘安装方法在C盘装上Win7，装完之后进入C盘Win7，删掉掉刚才空闲盘的那个临时Win7即可。。。 

....好消息是：在非系统盘上用DISK转换GPT为MBR时，不会格式化磁盘，所以数据仍然在

....之所以要转换成MBR是因为装Ubuntu出问题，啥问题忘了，不转换应该也有解决办法。。

          
  OK！ 这样就得到了 BIOS启动 + MBR磁盘 + Win7×64系统 的经典组合！！可以开始安装 Ubuntu了。。。。。

         

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    下载Ubuntu 15.04 64位

    下载UltraISO制作启动U盘 

    在Win7某盘下压缩出 300G～500G 空间，不新建分区、使其空闲

    重启进入BIOS，选择U盘启动

    开始安装》》。。。

    分区：/ 90G~120G ， /boot  200M~400M ， swap 内存大小左右 ，/home 剩余

    分区顺序按此方式、且全部设定为逻辑分区，其他方式也可但发现容易出问题........

    注意：：分区完成之后，安装开始之前，切记要在下方的启动器安装选项(boot installer)上，手动选择，将启动器安装到你的上述boot分区中，否则默认的话就是用ubuntu引导win7了

....另外：：若需重装ubuntu的时候，要进入Win7重新删除四个分区，格式化该盘，使其空闲。进入安装界面后，还要改变上述分区的相对大小，不然ubuntu会一直卡在creating ext4 ... 安装不下去。

....另外：：若上述办法还是继续卡在creating ext4上，则在Win7下重新格式化该区，并预先分好4个区的大小，进入Ubuntu安装界面后，将四个对应分区挂载上去即可，可顺利安装......

....另外：：重装Ubuntu之后，进入Win7，用EasyBCD删掉上次的grub2启动，重新建一个即可

....但是：：这样还是有可能会碰到安装进度条卡在 creating etx4...这里，百度了好久没找到办法，我在这都卡疯了。看到的有解决办法，还请留言分享下啊*&……*&*&

    最好选择英文安装，方便安装caffe相关软件时路径全英文，进入之后再安装中文包和fcitx中文输入法....

    最好断开网络安装，否则会下载语言包和更新/.///

    等待安装完成，系统提示：重启电脑

    重启之后会直接进入Win7，这时打开EasyBCD，在刚才的boot目录上添加linux的gub2启动。

    OK ！！ 

    重启之后，界面出现系统选择 .........  进入ubuntu ..................

                  

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    进入系统之后，

    打开终端,右击桌面，

    设定root用户密码，sudo passward

    修改apt-get源为阿里云，sudo gedit /etc/apt/sources.list

    遇到自动推送的系统更新，不要同意，也不要不同意，直接x掉！

    语言设置中安装中文包，自带fcitx拼音输入法

    注意不要用中文替换原英文文件夹，

    开始caffe安装 。。。

二、CUDA 安装

CUDA 安装会出各种奇妙问题，显卡、系统各不一样，所以虽然问题的表现形式一样，但解决办法可能不一样，因为驱动跟硬件紧密相关，在软件层面很难统一解决，所以多百度几种方法试吧。。。

CUDA的官方安装文档，小白的一大原罪就是不喜官方资料，想偷懒结果还绕了个大弯……*&*%！！！

2.1 关闭xWindow，开启tty1

安装cuda的同时会安装显卡驱动，因此要进入ubuntu的纯字符界面才行 。

方法是 ctrl + alt + F1 进入tty1，登录，

输入init 3，进入纯字符界面。

可以按ctrl+alt+F7验证，无法返回xWindow了，说明关闭成功。

再次 ctrl + alt + F1 返回tty1。

输入startx ,  会再次恢复启动xWinow。 ctrl+atl +f7 即可进入。

如果 init 3 & startx 不行，可以用 sudo service lightdm start/stop 命令。

如果中间哪一步卡住了，强制重启，再试一次，仍然不行说明有问题。

注意，关闭xWindow后，切换到xWin时应该只显示一行219的版本号，没有[ok]start lightdm maneger之类的。

否则，后续安装会有错误。

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如果上面这个操作，完全没问题，OK，可以开始CUDA安装了

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但我这遇到问题： 

安装cuda前，进入tty1黑屏，返回xWindow正常. 。。。

安装cuda后，登陆xWindow异常，进入tty1正常 。 。。

安装cuda中，爆出“ Error: can't xxx kernel xxx ”。。。 

        

方法一：网上有用sudo stop lightdm关闭xWindow的，但是需要自己生成和修改xorg文件，ubuntu15.04安装完默认是没有这玩意的。参考好多博客后，没弄成，非常不适合linux新手。

        

方法二：还有用stop gdm的，gdm是相对于lightdm的另一套xWindow，现在不流行了，所以默认没安装上，需要自己 apt-get install gdm，然后从lightdm切换到gdm。在gdm下可用sudo  gdm stop, 来关闭xWIndow。这个的好处是不用修改xorg文件。但这个也有点问题，忘了。

        

方法三：浪费一天google来的，非常简单，原文中这个办法用来解决“装完nvidia驱动，重启后卡在登陆界面，无法进入xWindow”这个问题的。在我这是被用来解决“装nvidia驱动或cuda前，进入tty1黑屏”这个问题。 方法流程如下：

cd /etc/defaultsudo cp grub grub.bk  #备份sudo gedit grubGRUB_CMDLINE_LINUX="nomodeset" #修改sudo update-grub  #更新grubsudo reboot  #重启

重启之后，发现桌面分辨率掉到渣，说明奏效了。。

先登陆 xWindow， 尝试切换到 tty1，果然成功刷出登陆提示，tty1黑屏的问题解决！

可以验证下， xWindow 和 tty1 是否可毫无障碍的 反复自由 切换。。。验证OK！

接下来就可关闭xWindow，只使用tty1了。

登陆tty1→输入 init 3 /或者 sudo service lightdm stop→xWindow被关闭,→可能会卡屏，ctr+alt+f1 就可以了。。

可以验证下， ctr+alt+f7 打开xWindow 失效，显示且只显示一个版本号 。。。验证OK!

可以安装cuda了 ！！！

方法四： 本文是单显卡titanx，按方法三第一天装完cuda正常，装opencv时出问题，因此第二天重装按方法三再整，结果出了新问题 。安装完cuda后，无法正常登陆xWindow，只能进入tty1。 重新整了好多次无果！

最后在cuda的官方安装教程中，发现方法四~~~终于成功~~~ 操作如下：

#打开终端

lsmod | grep nouveau        #验证 有输出说明noveau驱动正常cd /etc/modprobe.dsudo gedit balcklist-nouveau  #写入以下2句保存blacklist nouveauoptions nouveau modset=0sudo update-initramfs -u    #更新initsudo reboot                 #重启，发现分辨率掉渣lsmod | grep nouveau        #验证，无输出说明屏蔽noveau成功

此时再次尝试，进入tty1，无黑屏bug。再返回xWindow，也无障碍。 

在tty1下，sudo service lightdm stop.  → xWindow被关闭！

可以验证，ctr+alt+f7返回xWindow时，只显示一版本号。 

在tty1下， sudo service lightdm start.  → 打开xWindow成功！

可以验证，ctrl+alt+f7成功返回xWindow.

再重启后，仍可循环切换，完美关闭或打开xWindow。   

说明终于完美实现了 字符终端和图形终端的切换。

开始安装cuda~~~~~~~ 

方法五：本文另一台式机，GTX970单显卡，按照上述方法三和方法四安装cuda，安装之前能正常切换tty1和xWindow。 但是，安装之后，竟然就进不去xWindow了，一直卡在登陆界面，输入密码死循环！！而在安装过程中曾爆出一个“ Error: can't return kernel xxx” ，据查，这个是安装驱动的时候需要linux 内核参与编译。在tty1下验证显卡驱动是否存在，ls /proc/drivers/nvidia, 无任何输出，说明显卡驱动确实没写进去。 最后的解决办法如下：

1.完全重装ubuntu15.04

2.未降级gcc/g++-4.9到gcc/g++-4.7

   (这个是导致产生kernel错误的原因。）

3.未更换阿里源，使用系统自带的apt源。

  (这个估计更换后无影响，因为我后面安装opencv时为加快速度，还是换成阿里源了)

  (cuda安装过程中会自动验证kernel的版本信息，阿里源只是原生源的镜像，差异有一点点，但kernel-header应该是一致的，另一台titanx的就在阿里源下安装的cuda).

4.弹出系统升级提示时，不要接受，也不要拒绝，直接x掉。 

  据我推断，接受升级肯定会修改内核，但拒绝升级坑能也会！！。 (最有可能是这个原因)

5.官方安装指导的 pre-installation中，需要验证系统类型x86_64，以及更新kernel-header，这些都没做。

  因为ubuntu15.04_x86_64安装完，默认是最新的kernel-header.

6.按方法三，修改GRUB_CMDLINE_LINUX="nomodeset"，并sudo update-grub，再重启！

7.分辨率掉渣，进入tty1， sudo service lightdm stop 关闭xWindow. 

  注意验证下，返回xWindow时，显示且仅显示一行219版本号，说明才是彻底关闭了。

8.开始安装cuda。

终于进入油意义的第一步！！  ----------------------

2.2 安装cuda 7.5

预先下载并拷贝cuda7.5_linux_64_.deb安装包到home下。

关于是否要先独立安装nvidia驱动的问题，本人尝试几次重装都失败了，无法打开内核什么的。。

因此直接cuda走起，安装cuda的时候会自动安装驱动。。。

      

安装过程中要编译，因此先对gcc和g++进行降级，至-4.7版本。

后面安装各种包都要用到gcc, 所以一开始降级可让全部软件包的安装都比较一致。降级方法参见欧新宇。

进入tty1，关闭xWindow，开始安装

cd ~sudo dpkg -i install cuda---x-x-x.debsudo apt-get updatesudo apt-get install -y cuda 

等待安装完成 》》》》

注意：安装的过程中，可能会刷出ERROR，卸载掉或重装来过...... 

重启：sudo reboot!

配置cuda bin & lib 目录

cd /etcsudo gedit profile   #写入以下2句保存PATH=/usr/local/cuda/bin:$PATH  export PATHsource /etc/profile #立即生效

cd /etc/ld.so.conf.dlssudo cp xxx.conf  cuda.conf   #xxx替换成ls出的随便哪个文件sudo gedit cuda.conf          #编辑/usr/local/cuda/lib64         #写入并保存sudo ldconfig -v              #立即生效nvcc --version                #验证

注意：此处可先重启电脑，不重启就要在这个终端内继续，不更换新的终端窗口。

因为上面的立即生效是针对当前终端这个shell的，不是整个系统，只有重启才能应用到整个系统。

可以验证，在不重启时，另开一终端，nvcc --version 是无输出的。

2.3 安装cuda sample

cd /usr/local/cuda/samplessudo make all -j8                #编译cd ./bin/x86_64/linux/release    #验证./deviceQuery                    #刷出显卡信息 则成功

2.4 安装cudnn-v4

由于是cuda7.5 所以安装 cudnn-v4.0比较好

下载 cudnn-7.0-linux-x64-v4.0-prod.tgz 放到home下

tar zxvf cudnn-7.0-linux-x86-v4.0-prod.taz  sudo cp include/cudnn.h /usr/local/includesudo cp lib64/libcudnn.* /usr/local/libsudo ln -sf /usr/local/lib/libcudnn.so.7.0.64 /usr/local/lib/libcudnn.so.7.0   #建立链接sudo ln -sf /usr/local/lib/libcudnn.so.7.0 /usr/local/lib/libcudnn.sosudo ldconfig -v

重启 .......

三、Matlab 安装

Matlab安装简单，参见欧新宇。

注意拷贝matlab至home文件夹时，使用欧的挂在方法，sudo cp 之后，安装时出现权限不足，且无法更改？

网上找的链接: http://pan.baidu.com/s/1c0jaEek 密码: cjvg

安装完成之后，Home下的Matlab文件夹即可删除。

四、BLAS 安装

BLAS可选MKL和altas，安装简单。

mkl-2016下载和安装参见欧新宇。

注意mkl只能安装一次!!

如果没有mkl，就安装默认的 altas ! 

本文前后2台电脑，分别安装了mkl 和 altas，都OK！. 

后面都以安装altas的电脑为例:

sudo apt-get install libatlas-base-dev

五、OpenCV安装

OpenCV大部分使用 Install_OpenCV_Master这个方法，但这个安装过程比较混乱，可以打开安装脚本看看, 各种依赖包装了卸、卸了装，反反复复好几次，而且装完之后与ffmpeg这个包有关的地方全部报错，导致OpenCV安装不完整，后面的caffe编译也出错！！

坑了2天终于找到了救星>>>>>  xuezhisdc.

在Home下新建文件夹OpenCV，再于其中新建5个sh文档， 拷贝救星给出的各个shell到这几个文档中保存。

安装过程中把OpenCV拷贝到 /usr/local目录下，（与cuda和matlab看齐，好看好管理×××），，

      

本文是cuda7.5，所以使用比较新的 opencv3.0与之搭配，不容易出莫名奇妙的bug，3.0的shell可仿照2.4.11那个改一下××××

       

依次运行 1 2 3 4 5 五个shell ........直到安装完成，且无bug报错！

       

注意：安装过程全程联网，而且网速不能太慢，否则下载的包会有损失。 

本文安装过程中，下载的 3rdparty中的ICV组件始终报错！！ MD5不匹配！！

最后打开脚本文件找到下载地址，手动下载ICV后放到对应目录下。。。终于通过！！

出错后，可以重新来过，会覆盖掉前次的，我安装了好几次~~

脚本安装和编译的好处就在于，碰到问题立马停止，能精准定位错误源~~~~~

所以出错之后，可研究下 Error Information ~~~~~~~

六、Python安装

安装Pyhton主要是为caffe的pycaffe接口提供一个python环境。

Python被其他软件广泛依赖，在安装这些软件的时候可能已经安装过了，而且同一个包的版本还不太一致。

---------------这导致非常混乱----------比如，：

安装前面 opencv的时候就需要 numpy 和 scipy，在那里已经安装过了！

但安装此处的Python环境的时候，会再被安装一次！

然后面安装caffe的时候，还会被再安装一次！

好多cafee安装教程上都是装了又装，不知道多少次。。

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但幸好，Ubuntu 的 apt-get 能够自动管理各种版本，以及依赖关系，方法是检查版本号，若最新则跳过！！

“xxx is already the newest version”

但尽管如此，caffe官方还是裂墙推荐 ：Python包管理神器---->Anaconda !!!

本文在2台电脑上试了下2种方案都可通过。。

6.1  Anaconda 方案

下载  Anaconda2-4.1.0-Linux-x86_64.sh

Anaconda很多博文都安装在/Home/usrname目录下，这样吧/目录的空间都浪费了，因此本文安装到/usr/local

这与 Matlab / CUDA / OpenCV 保持风格一致，比较赏心悦目。。

用Chrome下载Ananconda，放到/home下,开始安装。

python --version                               #验证下原生python版本   md5sum Anaconda2-4.1.0-Linux-x86_64.sh         #验证md5sudo bash Anaconda2-4.1.0-Linux-x86_64.sh      #安装

安装中间，会提示是否安装在/home/xx/ananconda2目录下，或于下方输入自定义路径，输入:/usr/local/Anaconda

安装末尾，会提示是否在 /home/xx/.bashrc 中创建bin目录，yes！
安装之后，开始配置Anacoda的路径。 
在全局变量中配置其lib&bin路径！

sudo gedit /etc/profileexport PATH=/usr/local/anaconda2/bin:$PATH"     #写入并保存source /etc/profile           #立即生效sudo gedit /etc/ld.so.conf/usr/local/anaconda2/lib      #追加一行，写入此路径，并保存sudo ldconfig -v              #立即生效cd ~                          #xx用户目录sudo gedit .bashrc            #找到anconda写在此文件最后的路径，并拷贝。sudo su                       #获取root权限cd ~                          #root用户目录sudo gedit .bashrc            #将刚才拷贝的路径，添加到最后保存

conda --version                                 # 验证

conda list                                          # 列出 conda安装的所有Python包
python --version                               # conda-python 生效 ，原生的Python被屏蔽

重启,使路径完全生效....

6.2 原生Python方案

也可使用原生Python方案，再继续往Unbuntu的python中添加三方包就可以，如下

sudo apt-get install -y python-numpy python-scipy python-matplotlib python-sklearn python-skimage python-h5py python-protobuf python-leveldb python-networkx python-nose python-pandas python-gflags cython ipython

安装过程中，大部分都会提示 “scuceessfly installing xxx....”， 
python-pandas 貌似有个小错，没管了。。。直接继续后面，貌似不影响！

七、安装google-glog

这个简单，参见欧新宇

八、安装 其他依赖项

这里主要是caffe用到的9个小软件:  protobuf  leveldb  lmdb snappy opencv boost hdf5 gflag google-glog 

好多博文在最最开始就安装这些小软件，流程比较混乱，建议放在大块头后面安装，流程比较清晰。

sudo apt-get install -y build-essential  # basic requirement  sudo apt-get install -y libprotobuf-dev libleveldb-dev libsnappy-dev libopencv-dev libboost-all-dev libhdf5-serial-dev libgflags-dev libgoogle-glog-dev liblmdb-dev protobuf-compiler #caffe  requirment

九、Caffe 安装 & 编译

Caffe下载，解压至Home目录下。
如本文目录为：/home/xx/caffe-master 。
xx为用户名，home目录默认是当前用户的家目录，所以中间是有用户名的。
进入caffe-master, 右击，在T终端中打开文件夹，然后 pwd命令 ，可以查看当前完整目录。
配置各种路径的时候，最方便是这个办法，直接鼠标找到文件夹，右击在T终端中打开，pwd 出当前目录，复制之！！        

9.1 安装pycaffe的依赖包

若在6.2中，使用原生Python安装的

进入根目录的 python文件夹，打开终端执行：

pip --version                           #验证pip是否已经安装，默认是没有的sudo apt-get install pip                #安装cd /home/xx/caffe-master/pythonfor req in $(cat requirements.txt); do pip install $req; done

可打开 python/requirements.txt ， 里面绝大部分依赖包其实与上面6.2中是重复的。

直接覆盖安装，pip 会自动处理，已经安装的只是验证版本号，并更新！

若在6.2中，使用Anaconda方案的

事实上，requirements.txt中的绝大部分包，已经在Anaconda中了，可如下验证

conda list | grep xxx

xxx取requirements.txt中每一行包名字的几个连续字符，注意要小写，比如cython, num, level，gfl等等
经过验证，发现只有 leveldeb 和 python-gflags 等3个无输出，说明没安装。
此时新建一个txt，如req.txt，将requirements.txt 中的内容拷贝进去，别的全删，只留下上面3个无输出的。
然后执行如下：

sudo su                                                   # 必须切换至rootcd /home/xx/caffe-master/pythonfor req in $(cat req.txt); do pip install $req; done      #用req.txt替换requirements.tx

**** 注意，本文是将anaconda安装到了usr/local 下，当前用户是无法更改Anacoda的。

**** 因此只要涉及到anaconda的写入和删除都需要root权限，或者sudo执行，此处sudo不合语法，只能root.

**** 安装中，pip 会在 Anacoda的sit-package文件夹中写入第三方Python包。

当然，如果不想这么麻烦，则无需验证，直接执行如下，已安装的会被跳过。

sudo su  #切换至rootcd /home/xx/caffe-master/pythonfor req in $(cat requirements.txt); do pip install $req; done

可见，Anaconda 可以更灵活更完备的处理Python的各种版本，以及各种包，这就是caffe列强推荐的原因。

建议使用Anaconda，越到后面越方便，而且理得清。

9.2 配置Makefile.config

此文件中全部都是关于 CUDA  cudnn  BLAS Matlab  python  hdf5  opencv 这7个部分的路径信息。

--------------------------------------------------------

那我么先检查下这些软件都安装在啥地方。。

CUDA 默认安装，位于/usr/local/cuda-7.5   /usr/local/cuda是其链接

Matlab 默认安装，位于/usr/local/MATLAB/R2014a

BLAS 默认安装，mkl位于/opt/intel，altas default        
hdf5 默认安装，位于/usr/lib/x86_64-linux-gnu/

OpenCV 默认安装，位于usr/local下

注意OpenCV被打散在 usr/local/include/xxx.h  /usr/local/lib/xxx.lib  /usr/share/opencv/samples这三个目录下
Python  

如果不用anaconda则是系统默认自带，目录到处都有，不用管了。。

如果是Ananconda 则在这个文件夹下，/usr/local/ananconda2/lib  /usr/local/anaconda2/bin

前面每步在安装完上述软件后，已经对其路径信息进行了配置，在以下3个文件中

/etc/ld.so.conf.d   /etc/ld.so.conf   /etc/profile 
 -----------------------------------------------------------------------

现在即可按照上述信息配置Makefile.config

cd ~/caffer-mastersudo  cp   Makefile.config.example   Makefile.configsudo gedit Makefile.config

1. 去注释   USE_CUDNN=1

2. 加注释  # CPU_ONLY:=1

3. 修改BLAS   BLAS = altas & mkl(maybe)

4. 配置 python & matlab

## 原生pythonPYTHON_LIB :=/usr/local/lib            #原生python选择 PYTHON_INCLUDE := xxxxx                #原生python默认 ## Ananconda# 先注释掉原生python路径AanacondaHome=/usr/local/ananconda2  # path to your anacondaPYTHON_LIB :=$(AanacondaHome)/lib PYTHON_INCLUDE := $(AnacondaHome)/xxxx #默认，但注意把Anaconda三行的注释符#全去掉，否则编译caffe报错找不到Python.hMATLAB_DIR :=/usr/local/MATLAB/R2014a

5. 补充hdf5路径，红色

 # what ever else you find, you can add it to here --------- 

INCLUDE_DIRS := $(PYTHON_INCLUDE)   /usr/local/include /usr/lib/x86_64-linux-gnu/hdf5/serial/include

LIBRARY_DIRS := $(PYTHON_LIB)   /usr/local/lib   /usr/lib   /usr/lib/x86_64-linux-gnu/hdf5/serial     

6. 启用OpenCV3.0.0    

去注释：OPENCV_VERSION=3

lib&bin路径已经在上面5.中做了配置：usr/local/include  & usr/local/lib

使用OpenCV3.x需要额外修改 Makefile文件，现在版本的caffe已经对Makefile做了修改，因此不用手动修改也可。

在Makefile文件中查找“Derive include and lib directories”一节，

修改“LIBRARIES +=”的最后一行，增加 opencv_imgcodecs，

修改之后为： LIBRARIES += opencv_core opencv_highgui opencv_imgproc opencv_imgcodecs

最终的完整Makefile.config如下>>>>

## Refer to http://caffe.berkeleyvision.org/installation.html# Contributions simplifying and improving our build system are welcome!# cuDNN acceleration switch (uncomment to build with cuDNN).USE_CUDNN := 1# CPU-only switch (uncomment to build without GPU support).# CPU_ONLY := 1# uncomment to disable IO dependencies and corresponding data layers# USE_OPENCV := 0# USE_LEVELDB := 0# USE_LMDB := 0# uncomment to allow MDB_NOLOCK when reading LMDB files (only if necessary)#You should not set this flag if you will be reading LMDBs with any#possibility of simultaneous read and write# ALLOW_LMDB_NOLOCK := 1# Uncomment if you're using OpenCV 3OPENCV_VERSION := 3# To customize your choice of compiler, uncomment and set the following.# N.B. the default for Linux is g++ and the default for OSX is clang++# CUSTOM_CXX := g++# CUDA directory contains bin/ and lib/ directories that we need.CUDA_DIR := /usr/local/cuda# CUDA architecture setting: going with all of them.# For CUDA < 6.0, comment the *_50 lines for compatibility.CUDA_ARCH := -gencode arch=compute_20,code=sm_20 \-gencode arch=compute_20,code=sm_21 \-gencode arch=compute_30,code=sm_30 \-gencode arch=compute_35,code=sm_35 \-gencode arch=compute_50,code=sm_50 \-gencode arch=compute_50,code=compute_50# BLAS choice:# atlas for ATLAS (default)# mkl for MKL# open for OpenBlasBLAS := atlas# Custom (MKL/ATLAS/OpenBLAS) include and lib directories.# Leave commented to accept the defaults for your choice of BLAS# (which should work)!# BLAS_INCLUDE := /path/to/your/blas# BLAS_LIB := /path/to/your/blas# This is required only if you will compile the matlab interface.# MATLAB directory should contain the mex binary in /bin.MATLAB_DIR := /usr/local/MATLAB/R2014a# NOTE: this is required only if you will compile the python interface.# We need to be able to find Python.h and numpy/arrayobject.h.# Anaconda Python distribution is quite popular. Include path:# Verify anaconda location, sometimes it's in root.ANACONDA_HOME := /usr/local/anaconda2PYTHON_INCLUDE := $(ANACONDA_HOME)/include \  $(ANACONDA_HOME)/include/python2.7 \  $(ANACONDA_HOME)/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/include \# We need to be able to find libpythonX.X.so or .dylib.PYTHON_LIB := $(ANACONDA_HOME)/lib# Uncomment to support layers written in Python (will link against Python libs)# WITH_PYTHON_LAYER := 1# Whatever else you find you need goes here.INCLUDE_DIRS := $(PYTHON_INCLUDE) /usr/local/include /usr/lib/x86_64-linux-gnu/hdf5/serial/includeLIBRARY_DIRS := $(PYTHON_LIB) /usr/local/lib /usr/lib /usr/lib/x86_64-linux-gnu/hdf5/serial# Uncomment to use `pkg-config` to specify OpenCV library paths.# (Usually not necessary -- OpenCV libraries are normally installed in one of the above $LIBRARY_DIRS.)# USE_PKG_CONFIG := 1# N.B. both build and distribute dirs are cleared on `make clean`BUILD_DIR := buildDISTRIBUTE_DIR := distribute# Uncomment for debugging. Does not work on OSX due to https://github.com/BVLC/caffe/issues/171# DEBUG := 1# The ID of the GPU that 'make runtest' will use to run unit tests.TEST_GPUID := 0# enable pretty build (comment to see full commands)Q ?= @

7.3  编译caffe

make all -j8make test -j8make runtest -j8

7.4 编译pycaffe & matcaffe

make pycaffe -j8make matcaffe -j8make destribution  #发布,可不执行

编译完成之后，需设置python环境变量，将caffe配置为Python或Anaconda的一个包。

办法是将caffe/python路径，或者caffe/destribution/python路径添加到python环境变量中.

下面的路径只添加一个，本文用destribution这个

sudo gedit /etc/profile #PYTHONPATH=/home/xx/caffe-master/python:$PYTHONPATH              #写入，2选1PYTHONPATH=/home/xx/caffe-master/destribution/python:$PYTHONPATH  #写入，2选1export PYTHONPATH

最后的profile如下:

#接上原有文本##CUDAPATH=/usr/local/cuda/bin:$PATHexport PATH#Anacondaexport PATH="/usr/local/anaconda2/bin:$PATH"#Caffe#LD_LIBRARY_PATH=/home/xx/caffe-master/build/lib:$LD_LIBRARY_PATHLD_LIBRARY_PATH=/home/xx/caffe-master/distribute/lib:$LD_LIBRARY_PATHexport LD_LIBRARY_PATH#Pycaffe#PYTHONPATH=/home/xx/caffe-master/python:$PYTHONPATHPYTHONPATH=/home/xx/caffe-master/distribute/python:$PYTHONPATHexport PYTHONPATH#MatcaffeLD_PRELOAD=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6:$LD_PRELOADexport LD_PRELOAD

→→ 测试matcaffe

运行 caffe-master/matlab/demo/classification_demo.m 

需要提前下载个berkely.caffemodel到caffe-master/models的对应文件夹下。

刷出一连串得分数字，显示测试成功！

*******补充！如果在运行classcifcation_demo时出错：

Invalid mex: xxxxxxxx “libstdc++ , GLIBCXX-versionxxx不存在”  xxxxxxx

则是因为matlab自带的gcc版本较低，而编译matcaffe并生成caffe_.mexa64时的gcc版本较高，

从而编译时标准c++库和运行时标准c++库不一致，导致的。 

办法是添加路径，让matlab运行时引用系统gcc,而非自带gcc。

修改方法：

sudo gedit /etc/profile

LD_PRELOAD=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6:$LD_PRELOAD   #加入此句 保存

source /etc/profile

然后在此终端窗口内，打开matlab，运行其demo，则错误消失。

或者重启，让预加载路径彻底生效，打开matlab，运行demo,错误消失。

→→ 测试pycaffe

在Python中导入caffe，进行验证。

现在可以看到 Python 2.7成为Ananconda下的一个包，caffe又成为Python的一个包。

八、Cifar10数据集测试

cd ~cd caffe-mastersh data/cifar/get_cifar10_data.sh           #获取源数据sh examples/cifar/creat_cifar10_data.sh     #创建LevelDBsh examples/cifar/train_quick.sh            #训练

九、使用Pycaffe

第7步，导入caffe.draw时，出错，百度下原因是缺了2个python包。pydot & graphviz 。

在原生python中，安装如→XXX

在Anaconda中安装如下: 由于此处sudo命令不合语法，只能使用root权限，安装命令如图：

打开终端，输入 spyder, 即可开启Anaconda集成的ython IDE.。 原生Python的可在软件中心下载Spyder.

Spyder开启可能会卡出去，多开几次就OK。

新建目录 /home/xx/Spyder/mnist,  床建以下pycaffe训练文件：

首先要按照上面cifar的方法，去mnist下获取源数据，并创建数据文件LevelDB.

其次要自己设定训练参数到mnist_lenet_solver.prototxt文件 

# -*- coding: utf-8 -*-"""Created on Tue Jul  5 18:30:56 2016@author: xx"""# 导入caffeimport caffefrom caffe import layers as Lfrom caffe import params as P# 载入数据dataDir = '/home/xx/caffe-master/examples/mnist'# 设计网络def lenet(lmdb,batch_size):    n = caffe.NetSpec()        n.data, n.label = L.Data(batch_size = batch_size,                             backend = P.Data.LMDB,source=lmdb,                             transform_param = dict(scale=1./255),ntop=2)    n.conv1 = L.Convolution(n.data, kernel_size=5,                            num_output=20, weight_filler=dict(type='xavier'))    n.pool1 = L.Pooling(n.conv1, kernel_size=2,                        stride=2, pool=P.Pooling.MAX)    n.conv2 = L.Convolution(n.pool1, kernel_size=5,                            num_output=50, weight_filler=dict(type='xavier'))    n.pool2 = L.Pooling(n.conv2, kernel_size=2,                        stride=2, pool=P.Pooling.MAX)    n.ip1 = L.InnerProduct(n.pool2, num_output=500,                           weight_filler=dict(type='xavier'))    n.relu1 = L.ReLU(n.ip1, in_place=True)        n.ip2 = L.InnerProduct(n.relu1, num_output=10,                           weight_filler=dict(type='xavier'))    n.loss = L.SoftmaxWithLoss(n.ip2, n.label)    return n.to_proto()      # 保存网络modelDir = '/home/xx/Spyder/mnist'with open(modelDir+'/mnist_lenet_train.prototxt','w') as f:    f.write(str(lenet(dataDir+'/'+'mnist_train_lmdb',64)))with open(modelDir+'/mnist_lenet_test.prototxt','w') as f:    f.write(str(lenet(dataDir+'/'+'mnist_test_lmdb',100)))# -------------------------# 设计 solver# modelDir/mnist_lenet_solver.prototxt # ------------------------# 训练网络caffe.set_device(0)caffe.set_mode_gpu()   # or cpusolver = caffe.SGDSolver(modelDir+'/'+'mnist_lenet_solver.prototxt')solver.solve()

运行即可看到如下训练过程~~~~~~~~~~。

绘制此lenet的网络结构如下。

# -*- coding: utf-8 -*-"""Created on Tue Jul  5 20:30:20 2016绘制网络结构@author: xx"""# 导入 drawimport caffeimport caffe.drawfrom caffe.proto import caffe_pb2from google.protobuf import text_format# 模型model_path = '/home/xx/Spyder/mnist/mnist_lenet_train.prototxt'# 读取模型net = caffe_pb2.NetParameter()text_format.Merge(open(model_path).read(),net)# 输出pic_path = '/home/xx/Spyder/mnist/lenet_pic.png'# 排列方式rankdir = 'LR'  # LR TB RL BT# 绘制网络print('Drawing net to %s' % pic_path)caffe.draw.draw_net_to_file(net,pic_path,rankdir)print('Done!')

使用caffemodel对任意图片分类

需要到caffe model zoon 下载 bvlc_reference_caffenet.caffemodel

# -*- coding: utf-8 -*-"""Created on Tue Jul  5 22:16:37 2016使用caffemodel进行分类@author: xx"""import caffe#caffemodel 文件modelDir = '/home/xx/caffe-master/models/bvlc_reference_caffenet/'model = modelDir + 'bvlc_reference_caffenet.caffemodel'#deploy文件deploy = modelDir + 'deploy.prototxt'#GPU模式caffe.set_mode_gpu()net = caffe.Net(deploy,model,caffe.TEST)#数据预处理配置#config infomation from deploy#top: "data"#input_param { shape: { dim: 10 dim: 3 dim: 227 dim: 227 } }#输入尺寸transformer = caffe.io.Transformer({'data':net.blobs['data'].data.shape})  #data form deploy#维度调整 HWK-KHW python读取为HWKtransformer.set_transpose('data',(2,0,1))#值阈调整 python读取图片为[0,1]transformer.set_raw_scale('data',255)#通道调整 RGB-BGR caffe与opencv一致为BGR，而原图为RGBtransformer.set_channel_swap('data',(2,1,0))#尺寸调整 第0维可任意改变net.blobs['data'].reshape(10,3,227,227)#加载测试图片pic = '/home/xx/Spyder/mnist/dog.jpg'img = caffe.io.load_image(pic);#分类预测net.blobs['data'].data[...] = transformer.preprocess('data',img)out = net.forward()pridects = out['prob']  #prob form deploypredict = pridects.argmax() print predict  #输出265

 net.meta.classes.description(265)ans =     'Cardigan, Cardigan Welsh corgi'    # 羊毛衫、羊毛衫威尔士柯基犬