circos使用记录@win7
来源:互联网 发布:程序员工作量化 编辑:程序博客网 时间:2024/05/17 09:17
- 为什么用circos
本来是想要做出来这种效果的图,然后在一个r语言群里面问到用这个可以做出来
- 安装挺麻烦
安装安了很长时间,大概加调试有三个小时,反正具体怎么安装我就不说了,推荐博文:
http://blog.csdn.net/jishucai/article/details/45476511
http://nodex.iteye.com/blog/2106479
我是按照这两篇来安装的,先安装了activeperl5.16.2,就是直接百度的第一个链接:http://rj.baidu.com/soft/detail/14792.html?ald
然后安装好之后进入命令行模式:
perl -v
然后应该是下面的样子,win10有点问题,我在win7上装的
需要安装的模块:
Config::General (v2.50 or later)Font::TTFGDList::MoreUtilsMath::BezierMath::RoundMath::VecStatParams::ValidateReadonlyRegexp::CommonSet::IntSpan (v1.16 or later)Text::Format
安装方法:直接在windows命令行下输入 cpan,会进入 cpan> 模式,
输入 h 查看帮助信息和可用命令,输入 install Config::General 则可以安装 Config::General模块 。(一个个耐心得装完)
- 使用
1.首先学习网站肯定是官网啦,不多总共9节课,然后可以下载circos-tutorials-0.66.tgzcircos,里面有相应的原始数据,还有扩展的例子。
2.然后因为是命令行使用,所以要学会如何使用命令行DOS:
运行——cmd进入页面
直接输入盘符如D:进入d盘
然后cd bioviz\circos进入circos的根目录,一定要是根目录
然后perl后面几个参数:
.\bin\circos,必须要有,代表你打开circos这个模块程序,
-conf .\example\etc\circos.conf代表你要打开的文件,这个是自带例子的文件
-outputdir output代表你要输出的文件夹名字,这个是名为output文件夹,事先要先新建好
-outputfile wangshushu.png输出图片的名字
连起来就是:
perl .\bin\circos -conf .\example\etc\circos.conf -outputdir output -outputfile wangshushu.png
经过50余秒的结果:
图片:
右面为SVG的矢量图片
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