shogun-toolbox的使用方法和问题总结

本以为在上一次安装入坑之后能顺利使用,没想到在matlab接口具体使用时又出现了问题,接下来我将一一进行说明.

上一篇shogun-toolbox的安装与问题总结

1. matlab接口示例代码生成
这块内容一定是shogun的新手遇到的头疼的问题,找不到切入点,没办法模仿示例代码进行改写.一开始我也是摸不着头脑,后来就看shogun包中的doc/cookbook,但发现里面压根没有关于matlab的示例.所有又在包中到处寻找,直到看到了example/README.md和example/generate_documented.sh文件才算找到了希望.

$ cd shogun/examples$ ./generate_documented.sh

生成示例代码,我们可以在examples/documented/matlab_static下看到示例代码.

2. matlab示例代码执行问题处理

在matlab中执行示例代码时,遇到了如下错误:

>> svr_regressionInvalid MEX-file '/home/slave/kernel/shogun410/build/src/interfaces/matlab_static/sg.mexa64':libshogun.so.17: cannot open shared object file: No such file or directoryError in svr_regression (line 6)sg('set_features', 'TRAIN', traindat);

matlab无法找到libshogun.so.17文件. 在github上找到了相关的问题https://github.com/shogun-toolbox/shogun/issues/2344,shogun的维护者说是没有配置LD_LIBRARY_PATH变量导致的(其实这个问题在安装教程里就提到过https://github.com/shogun-toolbox/shogun/wiki/INSTALL#general,只是我当时没有注意).

export LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:path_to_shogun/src/shogun/

然后,再次执行示例代码,这次又出现了新的问题.

>> svr_regressionInvalid MEX-file '/home/slave/kernel/shogun410/build/src/interfaces/matlab_static/sg.mexa64':/usr/local/MATLAB/R2012b/bin/glnxa64/../../sys/os/glnxa64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.15' notfound (required by /usr/local/lib/libshogun.so.17)Error in svr_regression (line 6)sg('set_features', 'TRAIN', traindat);

这次又是与libstdc++.so.6相关的问题,在网上搜索了相关的解决方案,最终解决.

首先,我们需要定位系统中的libstdc++.so.6所在位置 ,然后我们将该位置的libstdc++.so.6文件链接到matlab中.

$ locate libstdc++.so.6/home/slave/Downloads/matlab/bin/glnxa64/libstdc++.so.6/home/slave/Downloads/matlab/bin/glnxa64/libstdc++.so.6.0.13/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6.0.19/usr/local/MATLAB/R2012b/sys/os/glnxa64/libstdc++.so.6/usr/local/MATLAB/R2012b/sys/os/glnxa64/libstdc++.so.6.0.13/usr/local/MATLAB/R2012b/toolbox/sldv/sldv/polyspace-dvo/lib/x86-linux/libstdc++.so.6/usr/local/MATLAB/R2012b/toolbox/sldv/sldv/polyspace-dvo/lib/x86-linux/libstdc++.so.6.0.13/usr/share/gdb/auto-load/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6.0.19-gdb.py

我们可以发现系统中的libstdc++.so.6文件路径在/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6.将matlab中的文件备份,做链接.

$ sudo mv /usr/local/MATLAB/R2012b/sys/os/glnxa64/libstdc++.so.6 /usr/local/MATLAB/R2012b/sys/os/glnxa64/libstdc++.so.6.bak$ sudo ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6 /usr/local/MATLAB/R2012b/sys/os/glnxa64/libstdc++.so.6

然后,重新启动matlab运行svr_regression示例代码.得到一下信息,并绘制出图像.OK,大功告成.

libshogun (x86_64/v4.1.0_2016-2-10_18:33262400)Copyright (C) 1999-2009 Fraunhofer Institute FIRSTCopyright (C) 1999-2011 Max Planck SocietyCopyright (C) 2009-2011 Berlin Institute of TechnologyCopyright (C) 2012-2014 Soeren Sonnenburg, Sergey Lisitsyn, Heiko Strathmann, Viktor Gal, Fernando Iglesias et alWritten   (W) 1999-2012 Soeren Sonnenburg, Gunnar Raetsch et al.( configure options: "TODO" compile flags: "-Wall -Wno-unused-parameter -Wformat -Wformat-security -Wparentheses -Wshadow -Wno-unknown-pragmas -Wno-deprecated  -fopenmp  -O3 -fexpensive-optimizations -frerun-cse-after-loop -fcse-follow-jumps -finline-functions -fschedule-insns2 -fthread-jumps -fforce-addr -fstrength-reduce -funroll-loops -mfpmath=sse" link flags: "-lpthread" )( seeding random number generator with 0 (seed size 256))determined range for x in log(1+exp(-x)) is:37 )

其实,我在github上都提问了https://github.com/shogun-toolbox/shogun/issues/3453,但是自己解决掉了问题,属于自问自答型.

参考:

• https://github.com/shogun-toolbox/shogun/wiki/INSTALL
• https://github.com/shogun-toolbox/shogun/issues/2344
• http://blog.csdn.net/woyaopojie1990/article/details/28426013
• https://github.com/shogun-toolbox/shogun/issues/3453