map gene to chromosome

来源:互联网 发布:动态网页制作python 编辑:程序博客网 时间:2024/06/07 06:33

绘制基因位于染色体上的图(map gene to chromosome)

最近有一批基因要根据其在染色体上的位置将其展示出来,想到的一种解决办法是:参照遗传连锁图的画法将其展示出来,所以能绘制遗传连锁图的软件都可以使用,如mapchart,genetic-mapper等。另外一种方法就是寻找合适的绘制软件,运气不错,还真让我找到一个在线网站可以绘制此图(http://mg2c.iask.in/mg2c_v2.0/)。输入文件需要两个,第一个文件需要四列( 1.gene ID; 2.start position of gene; 3.end position of gene; 4.chromosome ID of gene),第二个文件两列(1.chromosome ID; 2.chromosome sequence length)

文件一:

gsample1 4200 8400 Chrom01 gsample2 15000 20000 Chrom01 gsample3 25000 30000 Chrom01 gsample4 35000 40000 Chrom01 gsample5 45000 49000 Chrom01 gsample6 3000 7000 Chrom02 gsample7 10000 14000 Chrom02 gsample8 18000 22000 Chrom02 gsample9 26000 30000 Chrom02 gsample10 35000 40000 Chrom02

文件2:

Chrom01 54000 Chrom02 45000

图如下
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