KPGP0001初步处理

来源：互联网发布：淘宝宝贝浏览量怎么看编辑：程序博客网时间：2024/06/09 03:56

KPGP0001个体的全基因组测序数据：

代码解析

ls *gz |xargs ~/biosoft/fastqc/FastQC/fastqc -t 10

大多数 Linux 命令都会产生输出：
文件列表、字符串列表等。
如果要使用其他某个命令并将前一个命令的输出作为参数该怎么办？
例如，file 命令显示文件类型（可执行文件、ascii 文本等）；
你能处理输出，使其仅显示文件名，目前你希望将这些名称传递给 ls -l 命令以查看时间戳记。
xargs 命令就是用来完成此项工作的。他允许你对输出执行其他某些命令。

for i in (seq16);do(nohup /biosoft/bwa/bwa−0.7.15/bwamem−t5−M /reference/index/bwa/hg19KPGP−00001L{i}_R1.fq.gz KPGP-00001_LiR2.fq.gz1>KPGP−00001L{i}.sam 2>KPGP-00001_L${i}.bwa.align.log &);done

for i in (seq16);do(nohupsamtoolssort−@5−oKPGP−00001L{i}.sorted.bam KPGP-00001_L${i}.sam &);done

for i in (seq16);do(nohupsamtoolsindexKPGP−00001L{i}.sorted.bam &);done
samtools merge KPGP-00001.merge.bam *.sorted.bam

samtools sort -@ 50 -O bam -o KPGP-00001.sorted.merge.bam KPGP-00001.merge.bam

samtools index KPGP-00001.sorted.merge.bam

for i in (seq16);do(samtoolsflagstatKPGP−00001L{i}.sorted.bam >KPGP-00001_L${i}.flagstat.txt );done

0 0