conda配置与使用

1. conda 下载安装

可以从国内清华源下载anaconda，下载地址为https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/.

完成下载后，可根据系统环境自行安装。本人是centos系统，因此使用了sh安装文件进行安装。如果没有root权限，也可以安装到当前用户下，并通过配置.bashrc文件设置默认的conda启动环境。

2. conda的配置与使用

2.1 conda的配置

利用conda config --show命令查看conda的所有基本配置，示例如下：

add_anaconda_token: Trueadd_pip_as_python_dependency: Trueallow_softlinks: Truealways_copy: Falsealways_yes: Falseauto_update_conda: Truebinstar_upload: Nonechangeps1: Truechannel_alias: https://conda.anaconda.orgchannel_priority: Truechannels:  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/pro  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/client_tls_cert:client_tls_cert_key:create_default_packages: []debug: Falsedefault_channels:  - https://repo.continuum.io/pkgs/free  - https://repo.continuum.io/pkgs/prodisallow: []

2.2 更改conda为国内源

conda国外源的速度太慢，可以根据自己的所在网络的不同选择最合适的conda国内源，我这里选择的是清华大学的源。利用conda config --remove去除默认的国外源，并添加国内源地址：

conda config --showconda config –remove channels ‘default’conda config --add channels 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/pro'conda config --add channels 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free'conda config --add channels 'https://conda.anaconda.org/qiime2/'conda config --add channels 'https://conda.anaconda.org/bioconda/'conda config --add channels 'https://conda.anaconda.org/conda-forge/'conda config --add channels 'https://conda.anaconda.org/r/'conda config --add channels 'https://conda.anaconda.org/biocore/'##查看源配置conda config --show

PS: 每人的网络情况不同，也可选择其他的源。

2.3 新建python环境并激活

利用命令conda create -n qiime2 -c qiime2 python=3.5 qiime q2cli创建新的conda环境，其中-n表示环境名称，-c用来指定源/channel，python=3.5指定python的版本。

然后利用命令source activate qiime2来激活或者deactivate该环境。

#激活环境source activate qiime2#退出环境source deactivate qiime2#查看已安装环境conda env list

2.4 安装/删除环境中指定的包

2.4.1 安装第三方包

conda install pippip install package or /path/to/package

2.4.2 删除某些模块

    conda remove –name qiime2 ipython biopython

2.5 彻底删除环境

    conda env remove –name qiime2

2.6 环境导出与导入

2.6.1 导出环境

conda env export –name qiime2 –file qiime2.yml#或者conda list -e > spec-file.txt

2.6.2 创建环境

从文件创建环境:

#如果是用 conda env export --name 导出的文件，则可用下列命令创建：conda env create -f qiime2.yml#如果是用 conda list -e 导出的文件，则用如下方式创建：conda create –name <env> –file <deps file>

2.7 更新环境

    conda env update –name bunnies –file=environment.yml